Ty, jakožto méně významné cíle zůstaly většinou ušetřeny přímých útoků pum a torpéd. Mnoho amerických vojáků ze zoufalství obrátilo proti agresorovi i své ruční zbraně. Obránci ostrova se chovali většinou velmi statečně a obětavě. Mnohdy úspěšně se pokoušeli uhasit požáry a eliminovat následné výbuchy munice, snažili se zabránit úplnému zničení lodí, zachraňovali raněné, narychlo opravovali poškozenou výzbroj. Přesto nebylo v lidských silách zabránit ztrátám. Druhý nálet trval asi hodinu. Japonci, podobně jako při prvním útoku, nalétávali na své cíle i několikrát , kvůli přesnějšímu umísťování svých torpéd a pum. A to i přes sílící palbu všech možných zbraní obránců základny. Návrat a přistání letounů druhé vlny ztížilo zhoršené počasí. Některá poškozená letadla musela být svržena do moře kvůli místu na letových palubách, několik jich zabloudilo a po vyčerpání pohonných hmot spadla do moře, mnoho bylo poškozeno. Po jedenácté hodině přistál i fregatní kapitán Fučida. Podal hlášení viceadmirálovi Nagumovi - přímému veliteli celé akce a prosazoval vyslání další útočné vlny, která by dokonala naprosté dílo zkázy. I přes naléhání některých důstojníků na provedení třetího útoku vydal admirál ve 13,30 povel k návratu. Tento rozkaz byl ještě celá léta po válce diskutován. Nagumo si uvědomoval možné nebezpečí hrozící od ponorek, letadlových lodí o kterých neměl žádné zprávy a v neposlední řadě i předpokládaných zhruba padesáti letadel, která zůstala na ostrově nepoškozena. Přestože patřil viceadmirál ke staré škole obrněnců s jejich děly a nedovedl rozpoznat význam stále kvalitnějšího námořního letectva (od počátku byl proti celé operaci) obával se též možného zformování obrany ostrova a následných vysokých ztrát na útočících letadlech a jejich pilotů, kteří představovali elitu japonských námořních leteckých sil. Odpoledne 7. prosince na palubě velitelské Akagi bylo opět navrhováno najít a zničit americké letadlové lodě. Kvůli ztenčujícím se zásobám pohonných hmot a plánovanému setkání s tankery však musel být tento plán zamítnut. Pro Američany však byla tato okolnost příznivá. Jejich síly proti japonským neměly vůbec šanci na vítězství. Bez dalších komplikací se úderný svaz postupně vrátil mezi 24. a 27. prosincem za velikého jásání davů do Japonska. Námořníci a piloti byli oslavováni jako hrdinové, kteří dosáhli velikého vítězství. Na první pohled se zdály americké ztráty obrovské. 2403 zabitých nebo nezvěstných, 1178 zraněných, osmnáct potopených nebo poškozených lodí. Z toho osm bitevních lodí, tři křižníky, tři torpédoborce.