Proto také nacističtí vládci usilovali o politickou pacifikaci protektorátního zázemí a tomuto zájmu podřizovali i zvláštní formu zdejšího okupačního režimu. Protektorát měl přitom zůstat provizoriem pro dobu války; konečným cílem nacistické politiky byla úplná germanizace českého prostoru, kterou ostatně předjímaly již mnohé kroky válečných let.

Oproti přímé okupační správě měl ovšem protektorát pro české obyvatelstvo určité výhody. Protektorátních úřadů, institucí a organizací bylo možno do jisté míry využívat k obraně českých národních zájmů i zájmů jednotlivých českých občanů, a někdy dokonce k podpoře přímého protinacistického odboje. Poměrně široká kulturní autonomie v prvních letech okupace umožnila pak rozvinout masovou kulturní aktivitu s výrazně vlasteneckou a protiokupační tendencí. Němci potřebovali protektorátní úřady pro zajištění fungující správní a hospodářské soustavy českých zemí i jako převodní páku při ovládání českého obyvatelstva, avšak zároveň se na ně nemohli příliš spoléhat a důvěřovat jim. Většina protektorátních úředníků i vedoucích správních a politických představitelů buď hrála s okupanty dvojí hru, kryla vnější loajalitou národně obrannou a mnohdy i odbojovou činnost, nebo chápala svoji kolaboraci jako realistickou politiku menšího zla, nutnou pro přežití národa a zachování jeho statků v pohnutých dobách. Aktivní přisluhovači nacistů a ideoví kolaborační aktivisté tvořili úzkou a opovrhovanou vrstvu, jež neměla v národě prakticky velký vliv.

„Nikdy jsem neslyšel od Háchy ani jeden výrok, z něhož by plynulo, že je stoupencem nebo obdivovatelem nacistického režimu, ačkoli tehdy stále rostoucí síla Německa na něj zřejmě silně působila. Dr. Hácha se domníval, že za daného stavu věcí nemáme jiné možnosti než Němcům pomalu ustupovat. Ohrazoval se proti některým zásahům, intervenoval za zatčené a odsouzené, ale nakonec povolil. Pro tuto jeho taktiku je charakteristické srovnání, které jednou učinil: přirovnal náš národ k člověku, který je v zamčeném pokoji s bláznem. Musí mu přikyvovat a dávat za pravdu, aby se blázen nerozzuřil a nevrhl se na něj. Přitom se ohlíží úzkostlivě za dveře, kdy se otevřou a přijde pomoc...“

(Z pamětí Vladislava Klumpara, v letech 1938–42 ministra protektorátní vlády)
Převážná většina českého obyvatelstva pociťovala vůči okupantům nepřátelství, očekávala jejich brzkou válečnou porážku, a tím i osvobození své vlasti. Menší část se pak podílela na aktivním odboji, který se začal formovat hned v prvních týdnech okupace a jehož se v různé míře účastnily všechny sociální vrstvy.