Jeho vláda nezačala zrovna štastně, díky epidemii moru, která roku 1380 kosila české království. Donedávna kvetoucí země se ocitla v krizi, což lidé chápali jako projev božího hněvu a upínali své naděje směrem ke králi. Václav IV. ovšem nastoupil po svém velmi úspěšném otci Karlovi IV. , z čehož pramení jeho záporné ohodnocení od historiků. Mladý král zasedl na trůn ve velice nevhodné mezinárodní a vnitropolitické situaci. Karel IV. se příliš upínal na Francii. Václav IV. musel řešit vzniklé církevní schizma, a to kvůli svému titulu římského krále. Zpočátku se otevřeně postavil na stranu římského papeže, francouzská diplomacie chtěla přesvedčit českého panovníka, jeho rádce i členy lucemburské dynastie o závaznosti volby svého avignonského chráněnce. Francie na Václava tlačila tak dlouho, až odložil plánovanou cestu za císařskou korunou do Říma, kterou už nikdy neabsolvoval. Tím značně oslabil svou mezinárodní prestiž a hlavně pak své postavení v Čechách.
Mladý pražský arcibiskup Jan z Jenštejna odmítl zaujmout neutrální stanovisko svého panovníka a podpořil římského papeže. Tím se rozešly politické linie Václava IV. a Jana z Jenštejna. To negativně ovlivnilo poměry na české scéně. Spojenectví církevní hierarchie s českým králem budované za Karla IV. se zhroutilo. Církev byla za Karlovy vlády velice významnou silou a její vliv ještě zvýšil Jenštejn. Střet s panovníkem se mu však stal osudný. Roku 1393 dal Václav IV. zatknout jeho blízkého spolupracovníka, Jana z Pomuku, který byl zároveň generálním vikářem. Jan podlehl krutému mučení, kterému jej podrobili královští biřicové. Ti pak svrhli jeho mrtvé tělo z kamenného mostu v Praze. Z této oběti politického zápasu později církev vytvořila světce Jana Nepomuckého (Pomuk je dnešní Nepomuk). Papež se ho nezastal a Jenštejn byl donucen rezignovat na svůj arcibiskupský úřad. Jenštejn později umírá v Římě. Tento střet znamenal konec Karlovy koncepce těsné spolupráce panovníka s církevní hierarchií. Václav IV. dosazuje na místo pražského arcibiskupa vždy své svěřence, protože nedůvěřuje církevním hodnostářům, hlavně ale proto, aby se vyhnul situaci, kdy by se opakoval jeho trpký střet s Jenštejnem. Václav IV. , na rozdíl od svého otce, přestal podporovat církev, což dokazuje útlum výstavby klášterů.
Roztržka mezi panovníkem a preláty (vyslanci papeže) rovněž narušila politickou stabilitu a povzbudila k aktivitě vyšší šlechtu. Karlem IV.