Narozdiel od anachoretov, však mnísi mohli jedávať aj 2krát za deň a odpadla hrozba neustálej hmotnej núdze. Napriek tomu kláštory neboli sebestačné a mnísi museli pracovať mimo komunitu. Postupne sa v kláštoroch vyvinul noviciát. Počas tohto obdobia sa kandidát na členstvo oboznamoval so životom v kláštore. Pachomiánske kláštory tvorili dedinu, uprostred ktorej bol kostol. Pri ňom sa nachádzala kuchyňa, knižnica, ošetrovňa, dielne a sklady. Na čele kláštora bol abba. Mnísi žili v domoch, ktoré mali približne 20 a viac obyvateľov. Už za Pachomiovho života mali najväčšie kláštory až 1 400 mníchov. Všetci abbovia sa dvakrát do roka schádzali na generálnych kapitulách. Tá sa nachádzala v už spomínanom Tabannesi, a neskôr v Phbove. Aj pachomiánske kláštory postihla od 5.storočia kríza, ktorá súvisela s teologickými spormi, ale dôležitú úlohu zohrala aj prevládajúca orientácia na ekonomické sféry. Definitívny úder celému mníšstvu v Egypte, Sýrii a Palestíne, dalo v 7.storočí obsadenie týchto území moslimami.