Za účasť na sprisahaní voči svojmu zaťovi Albertovi Habsburskému odovzdali Barborine majetky na Považí roku 1439 jej dcére, kráľovnej Alžbete., ktorá ich ešte v tom istom roku dala do zálohu za 15 000 zlatých svojmu príbuznému, slovinskému bánovi Ulrichovi Celjskému, za jeho zásluhy o ochranu jej syna Ladislava Pohrobka. Viac ako jedno desaťročie ho používal počas vojny medzi Habsburgovcami a poľskými Jagelovcami jej vojvodca Jan Jiskra z Brandýsa. Roku 1441 patril Trenčín s ďalšími považskými hradmi Vladislavovi Jagelovskému, roku 1454 gubernátorovi Jánovi Huňadymu a potom jeho synovi Matejovi Korvínovi.

Matej Korvín pripisoval hradu Trenčín osobitý význam. Roku 1461 tu nielen očákaval svoju snúbenicu Katarínu, dcéru Juraja z Poděbrad, ale odtiaľ neskôr podnikal proti svojmu kráľovskému svokrovi výpady. Za preukázané služby uhorskému kráľovi Matejovi Korvínovi získal Štefan Zápoľský roku 1475 hrad a panstvo Trenčín. Prestavba hradu v čase, keď bol majetkom bohatej rodiny Zápoľských, bola poslednou slohotvornou zmenou. Postavili nový palác do parkanu na západnej strane, hneď vedľa vstupu. V novom paláci boli iba obytné miestnosti rozložené do dvoch poschodí. V súvislosti s palácom postavili aj poschodovú besiedku /Letná veža/, ktorá bola v podlaží jednopriestorová. Poslednými zmenami v hornom hrade za Zápoľskovcov boli nové vysoké tehlové klenby vo veľkej sieni Barborinho paláca a v kaplnke. Z hľadiska obranného staviteľstva sa z tohto obdobia na hrade zachovali dve veľké stavby. Prvou je rozsiahla dvojposchodová kasáreň, pristavená k opevneniu pri vstupe do dolného nádvoria tak, aby svojimi hlavňami bránila prístupovú cestu. Druhou je komplex južného fortifikačného systému, ktorý vytvoril obranu s tromi hradbami, dvoma priekopami a širokým parkanom. Pred staršou vežou /Jeremiášovou/ vybudovali do predpolia vysunutú ďaľšiu vežu /Mlynskú/, so samostatnou priekopou. Obidve spojili mostami a všetky prvky obrany opatrili strieľňami pre delá. Po bitke pri Moháči roku 1526 sa stal Ján Zápoľský nakrátko uhorským kráľom. V tom čase sa o trón uchádzal aj Ferdinand I. Habsburský. Oboch korunovali roku 1527 za kráľov. Medzi panovníkmi došlo viackrát k vojenskému stretnutiu. Počas vojnového ťaženia roku 1528 padol do Ferdinandových rúk aj Zápoľského hrad Trenčín. Stalo sa tak za pomoci domáceho zradcu okolo 15. júna po 9-týždňovom obliehaní hradu vojskom cisárskeho generála J. Katzianera. Dobytie hradu uľahčilo vyhladovanie obrancov hradu a požiar strechy od kanónovej gule v hornom nádvorí, ktorý sa potom rozšíril na pracháreň na dolnom nádvorí. Hradní kapitáni Pavol Baračkay a Benedikt Košár keď zistili, že nemôžu očakavať od Zápoľského ďalšiu pomoc kapitulovali, pričom pri odchode z hradu si všetci mohli odniesť svoje cennosti a majetok.