Odstraňovanie škôd spôsobených roku 1528 dvojmesačným obliehaním a veľkým požiarom hradu trvalo dlho. Mnohé úpravy sa realizovali ešte v prechodnom goticko – renesančnom výraze. Na poškodenom hrade prebiehali väčšie stavebné práce v rokoch 1535 – 1540 za Alexia Turzu z Betlianoviec, kráľovského taverníka, a jeho manželky Magdalény Székelyovej z Ormošdu. Pri úprave obranných stavieb sa sústredili predovšetkým na poškodené úseky, prestavali narušenú Jeremiášovú baštu a opatrili ju veľkými delovými strieľňami. Opevnili aj vstup od mesta, postavili novú baštu na okraji horného hradu tak, aby svojimi delovými strieľňami smerovala na cestu k dolnému nádvoriu. So Zápoľskovcami sa spája aj povesť o trenčianskej hradnej studni. Podľa povesti ju mali vytesať do skaly tureckí zajatci na príkaz svojho pána, aby mohli vyslobodiť krásnu Fatimu, veľkú lásku tureckého pána Omara. V skutočnosti sa s hĺbením studne začalo okolo roku 1557 –58, až za generála Katzianera a v prácach pokračoval Alexius Turzo a jeho následovníci. Studňu dokončili približne roku 1564 – 1570. Studňa má hĺbku 79,2 m, smerom zhora nadol sa mierne zužuje a na dne má bočnú chodbu na zbieranie vody v dĺžke 10 m. Roku 1548 odovzdala Margita Séčiová, dcéra Alexia Turzu, hrad a panstvo Ferdinandovi I. Panovník tu načas umiestnil vojenskú posádku s rakúskymi žoldniermi a kapitánom Krištofom Gortschacherom, majiteľom hradov Heftlein a Harras.

Roku 1560 prevzal do zálohu hrad panstvo tirolský gróf Pirrhus d´Arco, manžel Margity Séčiovej. Roku 1571 mal v držbe časť hradu a panstva manžel Anny Séčiovej, barón Ladislav Popel ml. z Lobkovíc, vysoký hodnostár na dvore Maximiliána II. Na základe rodinných vzťahov po krátkom zálohovaní získal Trenčín i s majetkami k nemu patriacimi Imrich Forgáč / Forgách /, druhý manžel Kataríny Zrínskej, dcéry sihotského hrdinu Mikuláša Zrínskeho a vdovy po Františkovi Turzovi. Roku 1583 – 1592 dal vykonať na hrade značné stavebné úpravy. Zväčšili okná na palácoch, osadili nové portály, strechy pokryli šindľom, vymenili krovy, prestavali aj postavili nové múry, zasklili väčšinu okien. Roku 1594 prešiel kúpou hrad a panstvo Trenčín do vlastníctva Štefana I. Ilešháziho. Časom sa stal aj vlastníkom Likavy, Šurian, Sv. Jura, Pezinka, Stupavy, Čabrade, Sitna, Tovačova na Morave a majetkov na okolí Hodonína. Bol aj bratislavským županom a neskôr dedičným županom Trenčianskej a Liptovskej župy a kráľovským radcom. Za urážku majestátu cisára Rudolfa II. ho odsúdili na smrť a na skonfiškova ie majetku.