Krize československé vzájemnosti byla následně prohloubena vytvořením autonomní slovenské vlády v duchu klerofašizmu, se silný protičeským akcentem.
Od této chvíle se také začínají ubírat obě části zatím jednoho státu ne zcela jiným směrem, ale jistě odlišným způsobem a rychlostí vývoje, přičemž v Čechách byl vývoj pomalejší v důsledku značné nekonzistentnosti vládní strany. V ní se totiž objevili také lidé jako např. gen. A.Eliáš, kterým nebyl lhostejný osud státní samostatnosti a kteří také vnímali nebezpečí slovenských autonomistických snah přinejmenším stejně citlivě jako nebezpěčí plynoucí z politiky německé. Nicméně všichni ve vládě se domnívali, že bude nutné udržet Československo (Česko-slovensko) a to za cenu zřeknutí se právě masarykovské koncepce státu. V takovémto duchu hovoří již 14.října 1938 ministr zahraničí Chvalkovský s A.Hitlerem.
Takovýto vývoj nahrával silám, které usilovaly o totalitarizaci a následnou fašizaci české společnosti - jednak ta byly přímo proněmecky orientované složky vlády a do tohoto tábora patřili rovněž vlajkaři, příznivci R.Gajdy, a skupina ANO (Akce národní obrody). K jejich dalšímu posílení dochází 15.prosince 1938, kdy byly přijaty tzv.zmocňovací zákony, které učinily z vládní Strany národní jednoty v podstatě stranu s "vedoucí úlohou ve státě".
Ale Hitler byl s vývojem u nás krajně nespokojen - 26.ledna 1939 to dal Chvalkovskému při jeho návštěvě v Berlíně pořádně "dopít" - proněmecky orientovaný šéf naší diplomacie pak celý zsinalý v Praze přednesl Hitlerovy požadavky ohledně dalšího směřování ČSR - vystoupit se Společnosti národů, rozvázat všechny spojenecké smlouvy a vyhlásit neutralitu, dále pak vyhlásit platnost tzv.norimberských zákonů a demobilizovat vojsko. To byl útok na poslední zbytky již beztak stínové samostatnosti a svrchovanosti ČSR. A zatímco v Praze usilovně přemýšleli, jak Hitlerovy nehorázné požadavky nejlépe splnit a tím si zajistit jeho přízeň, byl tento již tou dobou rozhodnut definitivně rozbít ČSR.
V následné pokračující zostřené fašizaci dochází k dalšímu vyřazování opor předmnichovské demokracie z povrchu společnosti, čímž se vytváří dostatečné podhoubí pro vznik pozdějšího odboje.
Tak se utvářelo spektrum, jehož každá složka bude hrát svou roli v procesu snah o obnovu ČSR během existence protektorátu. Na jedné straně současná vládní garnitura a její přívrženci usilující o zachování již téměř ztracené samostatnosti a na straně druhé se nacházela opozice vůči "druhé republice". Tato byla i po celou dobu války značně heterogenní, což ji zvláště při pozdějších akcích odboje mnohdy velice svazovalo ruce.