Během roku 1940 došlo k postupné obměně ve špičkách odbojových organizací (obnovení Obrany národa a Politického ústředí, dobudování PVVZ, postupné vytvoření jednotného koordinačního centra nekomunistického odboje - vznik Ústředního výboru odboje domácího) a nastává tzv.druhá vlna odboje, která zaznamenala patrně nejvýraznější úspěchy v boji proti nacismu na našem území.
Právě tento obrozený odboj se stal autorem a hlavním protagonistou konkrétního programu obnovení republiky. Tento program, nesoucí název "Za svobodu. Do nové ČSR.", byl zaštiťován ÚVODem, postupně ho přijal i Beneš a hlavní zásady programu Za svobodu byly vtěleny také do Košického vládního programu v dubnu 1945.
Program Za svobodu vznikal již během podzimu roku 1940, vycházel přitom z premisy, že liberalismu společně s krizí formální demokracie umožnily nástup a rozšíření fašismu, a fašismus je koncentrací útlaku národního i sociálního. Z toho tedy jasně vyplývá následná snaha o nový sociální řád, kde by byla v plné míře ctěna demokracie, neboť jen "takový řád je hoden moderního člověka" (cit. podle Kural V.: Místo společenství konflikt, str. 118) , jak se praví v samotném programu. Dále se tento program plně hlásí k Masarykovu odkazu, ale zároveň je zde řeč o znárodňování strategických podniků, které bude provázet příchod nového řádu. V tomto řádu se již nepočítá se zastánci tradičního kapitalismu a rovněž lidmi, kteří se přímo podíleli tou čo onou měrou na kolaboraci s nacistickým Německem (zde jsou především míněni agreárníci). V závěru programu je znovu akcentována idea obnovy samostatné ČSR a již se také počítá s obnovou a posílením Německa (po jeho porážce, pochopitelně). Tento program byl tady významným posílením celého odboje nejen tím, že byl již konkrétní, sledoval cíl a snažil se předejmout poválečný vývoj, ale hlavní jeho význam tkví v tom, že se jednalo o program většiny odboje, k níž se přidal i Beneš v čele londýnského centra a později i komunisté. Tak vlastně zaštiťoval celonárodní snahu o obnovu ČSR.
Jak z povahy věci jistě vyplývá, byly součástí všech úvah o obnově ČSR rovněž úvahy o vztahu k sudetským Němcům, které byly zpravidla shrnovány do dvou otázek: Co vlastně se sudetskými Němci, odsunout (vyhnat) nebo ne ? A když ne, tak jakým způsobem deklarovat jejich postavení ve státě. Co se týče postavení odboje k této otázce, bylo od počátku protektorátu zřejmé a tento názor se postupně radikalizoval, že bude nutné Němce odsunout (vyhnat). Poněkud jiný sled názorů však nacházíme u Beneše.
Ten zastával sice zprvu (tj. od roku 1939) variantu odsunu (vyhnání), ale na přelomu let 1940-41 (tzn. v době pokračování v jednání s Jakschem) se u něho objevuje návrh, který dostal oficiální podobu v únoru 1941 a to v tzv. memorandu "Mírové cíle Československa". Podstatou těchto návrhů bylo vytvoření dvou národnostních okruhů uvnitř ČSR - německého a českého - přičemž se počítalo s vysídlením nacistů.