Mužov nútil, aby sa každý deň umývali, prali si oblečenie a vetrali kajuty. K Havajským ostrovom dorazili v čase, keď domorodci oslavovali sviatok polynézskeho boha svetla, mieru a hojnosti Lona. Cooka považovali za jeho vtelenie, Britov privítali s veľkou úctou. Po dvoch týždňoch výmenných obchodov a družného spolunažívania vyplávali lode na sever. Pokračovali ďalej popri dnešnom Oregone, Aljaške až do Beringovho prielivu. Koncom augusta Cook usúdil, že zamrznuté vody sa mu zdolať nepodarí a vrátil sa na juh. V tom čase ho trápila choroba žalúdka, ktorej posádka pripisovala jeho čudné rozkazy. Mužov nútil jesť ťažko stráviteľné mäso mrožov. V januári 1779 Cookove lode znovu zakotvili pri Havajských ostrovoch. Opustili ich 4. februára práve v čase, keď sa končila oslava Lonovho sviatku.

Domorodcov utvrdili, že sú božského pôvodu. O niekoľko dní búrka poškodila predný sťažeň Cookovej lode. Vrátili sa na Havajské ostrovy, kde chceli Resolution opraviť. Tentoraz príchod bielych mužov domorodcov sklamal. Dorazili počas sviatku boha vojny Ku a narušili posvätné rituály. Napätie vyhrotila krádež záchranných člnov. Cook postupoval tak, ako zvykol v podobných situáciách na Tahiti. Zajal náčelníka domorodcov ako rukojemníka, za ktorého chcel člny vymeniť. Pri jeho prevoze k lodiam 14. februára 1779 obkľúčili Cooka a jeho mužov Havajčania. Jeden z nich ho udrel do chrbta. Kapitán stratil rovnováhu, spadol. Udierali ho kopijami a palicami. Bezvládne telo odvliekli so sebou. Briti vyjednali aspoň návrat jeho častí pre symbolický pohreb v mori.

Cookovo Dielo bolo veľmi významné. Na každej výprave si starostlivo viedol zápisky , ktoré vyšli za jeho života aj po smrti. Bol členom Kráľovskej spoločnosti náuk a získal jej zlatú medailu.