Na jar r.1914 ochorel František Jozef. Vzhľadom na jeho vek a na ochorenie cisára sa zdalo, že nástup Františka Ferdinanda na trón sa blíži, a že konečne bude môcť začať svoj zápas za obrodenie ríše. Všetko ale dopadlo ináč. Cisár sa uzdravil a FF sa chystal na manévre XV. a XVI. zboru. Tie sa mali konať v Bosne. Anexia v Bosne v r.1908 vyvolala nebezpečnú krízu. Balkán a hlavne Bosna boli zvlášť pre Habsburgovcov veľmi nebezpečným miestom. V balkánskych územiach habsburgovskej monarchie už od začiatku storočia došlo k rade atentátov. Keď bol FF pred nebezpečenstvom atentátu varovaný odpovedal: „Vaše varovanie je iste oprávnené, ja sa však nedám zavrieť pod sklenené veko. Náš život je v nebezpečenstve stále. Musím dôverovať Bohu.“

Zámer zavraždiť rakúsko-uhorského nasledovníka trónu sa vynoril potom, čo tlač priniesla správu, že spolu so svojou ženou navštívia Bosnu. Traja bosenský Srbi, občania R-U, v tej dobe žijúci v hl. meste Belehrade, sa rozhodli spáchať atentát. Boli to študenti Gavrilo Princip, Trifko Grabež a typograf Nedelko Čabrinovič.

GP sa narodil r.1894 ako syn nie bohatých rodičov, študoval na gymnáziu a svojimi postojmi sa staval k nacionalistom. Bol členom organizácie Mladá Bosna, čo bola revolučná organizácia juhoslovanskej mládeže v Bosne a Hercegovine, kt. bojovala proti Rakúsku a za zjednotenie južných Slovanov. Za podpory tajnej organizácie dôstojníkov srbskej armády, kt. atentátnikov vyzbrojila a zaistila im výcvik nazývajúcej sa Zjednotenie alebo smrť, známejšej skôr pod menom Čierna ruka spáchal atentát. Vtedajším šéfom organizácie ČR bol plukovník Dimitrijevič, kt. nepredpokladal, že atentátnici, kt. nikdy v živote nedržali granát ani pištoľ v ruke dokážu svoj plán dotiahnuť do úspešného konca.

Manévre pri Tarčine v Bosne, asi 30km západne od Sarajeva, prebehli v dňoch 26. a 27.júna úspešne a zdalo sa, že cesta FF a jeho ženy Žofie Bosnou skončila šťastne. Večer po manévroch sa konala v hoteli, kde bol FF so Žofiou Chotkovskou ubytovaný, veľká oslava, na kt. mal FF veľmi dobrú náladu. V ten večer padol návrh, aby FF a Žofia zrušili zajtrajšiu cestu do Sarajeva a odcestovali tak priamo domov. Chvíľu FF váhal, ale nakoniec sa rozhodol, že sa bude držať pôvodného plánu. V nedeľu 28.júna 1914 bola nad celou Bosnou jasná obloha. Po raňajkách a omši v hoteli ešte poslal FF telegram svojim deťom, v 9:50 prišiel vlak z Illidži do Sarajeva. Ulice lemovali zástupy ľudí, medzi nimi len 120 policajtov cca 200 krokov od seba, aj keď bolo možné povolať vojakov, kt. sa zúčastnili manévrov. Ale Potiorek namietal, že majú zašpinené uniformy. FF a Žofia prechádzali autom pomaly cez zástupy obecenstva. Na sklápacom sedadle sedel Potiorek, na zadných sedadlách FF so Žofiou. Dvaja z pripravených atentátnikov nechali autá prejsť. V rozhodujúcom okamžiku nedokázali hodiť svoje bomby alebo vystreliť z revolveru. Tretí, Nedelko Čabrinovič, hodil bombu keď prechádzali okolo asi 20km rýchlosťou. Tá dopadla priamo na stiahnutú plátenú strechu auta a skĺzla na zem a vybuchla pod ďalším autom. Potom následníkove auto nepochopiteľne zastavilo, aby sa pozreli čo sa stalo. Vtedy sa mohli stať tým najjednoduchším terčom. Ťažko zranený bol len generál Potiork, kt. bol prevezený do nemocnice. Asi po 2 minútach sa gróf Harrach vrátil a kolóna pokračovala k sarajevskej radnici, kde mala byť prednesená uvítacia reč. Behom prehliadky radnice sa musela vyriešiť otázka či dodržať pôvodný program. Nakoniec bola zmenená trasa. Ale vodič prvého auta nevedel o zmenenej trase, a tak šiel pôvodnou. Ďalšie vozy išli za ním. Keď to zistili v panovníkovom aute, zaradil Loyka spiatočku a chcel vycúvať. Ale bolo to v mieste kde akurát čakal Gavrilo Princip, kt. dva krát zmätene bez mierenia vystrelil, prvý krát nízko, druhý krát po spätnom náraze vyššie. Absolútne mimo logiku a pravdepodobnosť smrteľne zranil FF aj Žofiu. Prvá guľka prešla skrz dvierka a rozorvala Žofii brušnú aortu. Druhá guľka trafila FF do krčnej tepny. Zranený FF už len povedal svojej manželke: „Preboha! Čo sa ti stalo?“ a potom, čo Žofia skĺzla na manžela, následník predniesol: „Žofijka, Žofijka! Neumieraj mi! Zostaň pre moje deti...“ Žofia zomrela prakticky hneď, ešte skôr ako došli do Konaku, sídla zemskej vlády.

GP strieľal, a presnými zásahmi zavraždil FF a takisto aj jeho ženu. Gróf Harrach, kt. od radnice stál na stupátku vedľa arcivojvodu, aby ho chránil svojím telom, a však nemohol čakať, že útok GP príde sprava, držal na už idúcom aute panovníkovi hlavu, aby mu nepadala, a stieral mu potôčiky krvi vytekajúcej z úst. FF ešte asi 6 či 7x povedal: „To nič nie je...“. Zomrel asi po 15 minútach po príjazde do Konaku. Bolo 11 hodín dopoludnia.

Súd nad Principom a jeho spoločníkmi sa konal v októbri 1914. Keďže Princip v čase spáchania atentátu nemal ešte dvadsať rokov, podľa právneho poriadku nemohol byť odsúdený na trest smrti. Odsúdili ho na 20 rokov ťažkého žalára v samoväzbe, zostrenej tvrdým lôžkom a jedným pôstom mesačne, v tmavej cele väznice v pevnosti Terezín. Praktický spôsob väznenia bol však ešte tvrdší. Podľa predpisov musel byť každý väzeň pripútaný okovami ťažkými desať kilogramov. Principovi okovy sňali roku 1916, keď sa u neho prejavili ťažké príznaky kostnej tuberkulózy.

Nakoniec tejto chorobe podľahol. Zomrel 28. apríla 1918. Pochovali ho tajne na mestskom cintoríne v Terezíne. Principove telesné pozostatky previezli roku 1920 do Sarajeva.