Závery synody, ktorými sa mal vytvoriť spoločný cirkevný štatút pre Anglicko, Škótsko a Írsko, prijal aj parlament. Toto však narazilo na odpor Olivera Cromwella, vodcu parlamentného vojska, podľa ktorého boli cirkevné ústupky presbyteriánom príliš veľké a politické ústupky príliš malé. Keďže vidiecke a mestské ľudové vrstvy chceli viesť vojnu ďalej a vybojovať radikálny independentský program, pokračovala občiansky vojna ďalej:
Keď parlamentná armáda získala prevahu, ušiel kráľ Karol I. roku 1646 z Anglicka do Škótska. Veril totiž, že ho podporia škótski presbyteriánski šľachtici a duchovní a zároveň, že využije anglicko-škótske náboženské spory vo svoj prospech. Neuvedomil si však, že tieto už v politickom boji nemali takú úlohu ako na začiatku vojny. Londýnsky parlament podplatil škótskeho šľachtica Archibalda Campbella, a ten vydal kráľa Karola I. anglickému parlamentu za 400 000 libier. Po zajatí kráľa však prepukli v parlamente konflikty - kým radikáli chceli za istých predpokladov zachovať monarchiu, Oliver Cromwell sa zasadzoval za vznik republiky. Do rozporov priamo zasiahla armáda, v ktorej mal oporu Cromwell a tak independenti prevzali moc. Parlament, už celkom independentský, dal Karola I. roku 1649 odsúdiť na smrť a vyhlásil republiku. To bol definitívny koniec starého absolutizmu v Anglicku, ku ktorému prospelo aj náboženské hnutie presbyteriánov. A ešte k samotnému presbyteriánstvu: vychádza z kalvinizmu, teda je to jeden z troch hlavných smerov v systéme protestantizmu, spolu s luteránstvom a anglikánstvom. Kalvinizmus - náboženské učenie nazvané podľa Jána Kalvína (1509 - 1564) - francúzskeho reformátora. Zdôrazňuje tzv. predestináciu, predurčenosť, podľa ktorej je už Bohom predurčené, kto bude spasený a kto zatratený. Kladie dôraz na kresťanskú odovzdanosť a bezhraničnú oddanosť náboženskej viere, ktorá sa má prejavovať v usilovnej práci. Za najväčšie cnosti vyhlasuje striedmosť a šetrnosť, až svetský asketizmus - teda odmietanie všetkých svetských zábav (napr. návštev divadla, tanečných zábav a pod.)
Podľa niektorých buržoáznych filozofov kalvinizmus v čase buržoáznych revolúcii obhajoval a podporoval buržoázne podnikanie a to práve tým, že učenie o predestinácii nevylučuje aktívnu činnosť, lebo veriaci, i keď nepozná svoj osud, môže svojimi úspechmi v osobnom živote dokázať, že je „Boží vyvolenec“ a práve striedmosťou a šetrnosťou akumuluje svetské statky. Kalvinizmus mal značný vplyv na reformáciu cirkvi najmä vo Švajčiarsku (2 200 000 - najviac), Francúzsku (500 000), Holandsku, v Škótsku (presbyteriáni), ale napr.