Obrátila sa dokonca na kyjevského metropolitu, ale ten keď chcel mukačevské biskupstvo začleniť do kyjevskej metropoly. Kňažna Žofia s tým nesúhlasila a v roku 1664 povoláva biskupa Parthénia naspäť, aby sa ujal mukačevského biskupstva. Odovzdáva mu aj kláštor na Černečej Hore. Takto bol zabezpečený úspech Užhorodskej únie. Prekážky zjednotenia boli:

1. Veľmi dôležitým prvkom pri podpísaní Užhorodskej únie bola podmienka zachovania východného obradu pre zjednotených kresťanov. V tejto skutočnosti dochádzalo k mnohým nezrovnalostiam z dôvodu počínania si jágerskych biskupov. Nesprávnym vysvetľovaním únie presadzovali medzi zjednotenými kresťanmi latinský obrad. Biskupovi Parthéniovi bolo dané, aby so svojím sprievodom sa zúčastňoval na latinské cirkevné sviatky západnej liturgie, ďalej, aby sa kňazi učili liturgizovať podľa západnej liturgie. Za vzor „pravdivého uniáta" bol dávaný Gabriel Kosovický, bazilián, ktorý bol rozčarovaný z toho, že sa nestal biskupom. Jágerským biskupom Benediktom Kišdi (1648-1660) bol menovaný za kňaza do Humenného, kde začína slúžiť liturgiu v západnom obrade. To, že Apoštolská Stolica bola proti takýmto počínaniam svedčí aj jej nariadenie, ktorým takéto počínanie zakázala a nariadila Kosovickému vrátiť sa do kláštora. Ďalšou nezrovnalosťou bolo svätenie sviatkov. Jágerský biskup Juraj Féneši (1687-1699) prikázal gréckokatolíkom sláviť aj latinské cirkevné sviatky s obmedzením slávenia východných cirkevných sviatkov.

2. Druhou závažnou podmienkou Užhorodskej únie bola možnosť vlastného výberu mukačevského biskupa. Biskup bol v ponímaní veriacich nielen eparchom, ale aj vladykom-otcom. Podobne aj v tejto otázke dochádzalo k mnohým napätiam. Vplyvom dlhšieho neobsadenia mukačevského biskupstva sa biskupstvo dostáva do čoraz väčšieho vplyvu Jágru. Mukačevský biskup sa stáva obradovým vikárom jágerského biskupa. Bez jeho dovolenia nemohol vysvätiť ani kňaza, ba ani posvätiť nové chrámy.

3. Tretím privilégiom bolo hmotné zvýhodnenie pre duchovenstvo. Aj naplnenie tejto skutočnosti narážalo na mnohé prekážky, hoci už v roku 1624 Apoštolská Stolica priznala zjednoteným všetky privilégia. Napriek tomu, pre svojvoľné počínanie si zemepánov, ktorí konfiškovali cirkevné majetky, dostávali sa mukačevskí biskupi a podobne aj duchovenstvo (neplatenie desiatkov ako západnému kléru) do veľmi ťažkej finančnej situácie.

V spomínanom období po podpísaní Užhorodskej únie, zvlášť po smrti biskupa Parthénia dochádza k vážnemu ohrozeniu únie. Za krátke obdobie malo mukačevské biskupstvo viacerých pastierov mimo územia eparchie. Ďalšími biskupmi boli Jozef Vološinovský (1667-1675), Ján Malachovský (1671), Teofan Maurocordato (1676-1686), Ján Hieronym Lipnický (1681-1686), Porfýr Kulčický (1681-1687), Rafael Angelo Gavrilovič (1687-1688), Metod Rakovecký (1687-1693).

Situácia sa mení, keď na návrh kardinála Leopolda Kollonicha, ktorý na zasadnutí Pápežskej kolégie v Ríme roku 1689 predkladá návrh pápežovi Alexandrovi VIII. aby bol vymenovaný za apoštolského vikára Ján Jozef De Camellis (1689-1706), misionárom mukačevskej eparchie. Pápež ho ešte v tom roku 5. novembra 1689 menoval titulárnym biskupom šebasteiským. Biskup De Camelis počas prvých rokov svojho účinkovania uskutočnil na rozličných miestach eparchie 12 synod a ponavštevoval všetky farnosti, z vizitácii ktorých si robil podrobné poznámky do diára. Zo szatmárskej synody spracoval podrobnú správu o danom stave eparchie pre Kollnicha a pre Congregatio de propaganda fide v Ríme. Na zabezpečenie základného vzdelanie a na rast i upevňovanie náboženského života vydal dve publikácie, a to Bukvar a Katechesis v cyrilike. Na jeho žiadosť bola zriadená zakladina arcibiskupa-kardinála Františka Jányho, szerémskeho biskupa, ktorú odovzdali kňazskému semináru v Trnave na krytie výdavkov gréckokatolíckych seminaristov. Veľké úsilie vyvinul de Camellis na usporiadanie životných podmienok gréckokatolíckeho duchovenstva, ktoré žilo v poddanských podmienkach. Kráľ Leopold I. vydal 23. augusta 1692 výsadnú listinu pre gréckokatolíckych kňazov, ktorou oslobodil duchovných a ich deti z ponižujúceho poddanského stavu. Podľa uvedenej právnej výsady mali mať gréckokatolícki duchovní rovnaké slobody ako duchovní latinského obradu.

V roku 1703 sa z Poľska vrátil František II. Rákoczi, ktorý zorganizoval povstanie proti Habsburgovcom. Biskup de Camelis sa nechcel miešať do sporov, no keď odoprel prísahu vernosti Františkovi II., ten ho zato vykázal z krajiny ako cudzinca a nútil sa ho vzdať sa biskupstva. Preto sa utiahol do Prešova, kde aj zomrel 22. augusta 1706. Jeho smrťou sa uzavrelo jedno veľké dielo, gréckokatolíci však stratili eminentnú osobnosť.

V nasledujúcom období bol mukačevský biskupský stolec z rôznych dôvodov neobsadený. Ján Jozef Hodermarský (1707-1716) bol síce generálnym vikárom biskupa De Camellisa, no za povstania Františka II. Rákocziho sa postavil na stranu cisára, a preto musel utiecť na východné Slovensko. Aj keď ho cisár menoval biskupom, Rím toto menovanie nepotvrdil.

Napriek starobylej tradícii a historickým dokumentom jágerský biskup si osvojil moc, a to aj napriek tomu, že Užhorodská únia bola podpísaná pod podmienkou, že gréckokatolíci budú mať svojho vlastného biskupa nimi zvoleného a potvrdeného Apoštolským stolcom. Právny základ bol prejednaný a Apoštolský stolec „de facto" poprel jeho legálnu existenciu až do jej kanonického uznania v roku 1771.

Celé to obdobie bolo časom nezhôd, zásahov a vplyvu svetskej moci. Situácia sa vyvinula tak, že jágerský biskup Štefan Telekéši menoval na čelo mukačevskej eparchie do hodnosti generálneho vikára Juraja Bizancija (1716-1733), ktorého pápež Klement XI. bulou zo dňa 5. februára 1716 menoval najprv vikárom a o dva mesiace biskupom. Veľmi dôležitými sa stali ustanovenia Zamoščskej synody, ktoré riešili otázky gréckokatolíckeho obradu. Po dlhej príprave sa v auguste roku 1720 zišla na synodu hierarchia a duchovenstvo z gréckokatolíckych biskupstiev, nachádzajúcich sa na území poľského kráľovstva v poľskom mestečku Zamošč.

Prácam tejto synody predsedal apoštolský nuncius v poľskom kráľovstve Hieroným Grimaldi. Na tejto synode boli prijaté dekréty, rozdelené do 19 titulov, v ktorých sa vlastne aplikovali viaceré ustanovenia Tridentského snemu na podmienky Východnej cirkvi. Okrem toho tu boli riešené viaceré otázky cirkevnej administrácie a obradového charakteru a najmä to, čo sa týka vysluhovania jednotlivých sviatostí.

Obsah jednotlivých titulov je nasledovný:

- O katolíckej viere
- O hlásaní Slova Božieho a o učení katechizmu
- O sviatostiach a o ich vysluhovaní
- O cirkevnej správe
- O metropolitovi
- O biskupoch
- O oficiáloch /cirkevných úradníkoch/
- O notárovi a biskupských poplatkoch
- O protopresbyteroch a obvodných dekanoch
- O farároch a farnostiach
- O kláštoroch a mníšskom stave
- O mníškach
- O chrámoch a ochrane ich majetku
- O simonii
- O obnovení vyučovania a o seminároch
- O pôstoch a o sviatkoch
- O ostatkoch svätých, zázrakoch a úcte svätých
- O platoch pre poslancov v štátnom tribunále
- O ustanoveniach synody.

Pápež Benedikt XIII. schválil ustanovenia tejto synody 19. júla 1724 pod titulom Synodum Provincialem Ruthenam. Jej platnosť pre jednotlivé ukrajinské biskupstvá bola tak schválená Svätou stolicou. Dlhší čas však nebolo celkom jasné ani medzi odborníkmi na cirkevné právo, aký vzťah, či záväznosť majú ustanovenia tejto synody pre gréckokatolícku cirkev mimo územia bývalého poľského kráľovstva. V období jej konania žili všetci gréckokatolíci Uhorska pod správou mukačevskej eparchie a v tom čase sa táto naša eparchia nachádzala v závislosti na rímskokatolíckom jágerskom biskupstve.

Na základe dokumentov, ktoré uvádzajú vo svojich prácach naši historici J. Dulyškovyč a Michal Lučkaj vieme, že 11. marca 1726 sa v Jágri uskutočnilo stretnutie rímskokatolíckej biskupskej konzistórie s predstaviteľmi mukačevskej grécko-katolíckej eparchie. Na čele tejto delegácie bol generálny vikár Ján Hodermarský a ďalších 17 archipresbyterov zastupujúcich duchovenstvo celej eparchie. Takmer všetky štatúty prekonzultované a prijaté na tomto jágerskom stretnutí sú vlastne aplikáciou Zamoščskej synody na podmienky mukačevskej eparchie, ba aj v samotnom texte sa doslovne uvádza, že uzávery boli prijaté „podľa Zamoščskej synody".

Druhým krokom, či druhým stupňom uvedenia uzáverov Zamoščskej synody do života mukačevskej eparchie bola tzv. Sevľušská synoda gréckokatolíckeho duchovenstsva konaná 3. februára 1727 v obci Nagy Szolos, čiže Sevľus v Ugočskej župe. Prvotným cieľom tohto stretnutia bolo znovupotvrdenie únie v spomínanej župe, ale zároveň sa potvrdili aj uzávery jágerského stretnutia dotýkajúce sa aplikácie dekrétov Zamoščskej synody. Potvrdzuje to aj zápisnica z tejto synody, prepísaná naším cirkevným historikom Michalom Lučkajom v jeho diele" Historia Carpato-Ruthenorum", kde sa doslovne hovorí: „Najprv boli prečítané uzávery stretnutia posvätného jágerského biskupského konzistória, prijaté 11. marca 1726 a následne tu bola osobitným spôsobom prijatá skúsenosť ruténskej provinčnej synody, konanej v meste Zamošč roku 1720 a potvrdenej rímskym pápežom Klementom XI.