V tejto situácii prišiel Bohemund s návrhom, aby tomu, kto prvý prekročí hradby pripadlo mesto. Ostatní velitelia odmietli, najmä Adhemar a Raimond sa cítili viazaní prísahou Alexiovi. Nakoniec sa velitelia utvorili dohodu, ktorá znela:" Ak Bohemund môže získať mesto sám alebo prostredníctvom iných, my mu mesto dáme ako dobrovoľný dar, pod podmienkou, že ak nám cisár príde na pomoc a bude chcieť dodržať dohodu, .. my mu mesto odovzdáme podľa práva, aj v prípade, keď by Bohemund bol vlastníkom mesta."
Zrejme už pred týmto návrhom rokoval Bohemund s jedným z seldžuckých veliteľov menom Firúz. Tento Armén, ktorý prijal islám, bol ochotný v stanovený čas pustiť križiakov na hradby, ktoré kontroloval. V deň odchodu Štefana z Blois doviedol Bohemund rokovania s Firúzom do konca a prvý krát o svojich kontaktoch informoval aj križiackych veliteľov. V noci obsadili Normani časť hradieb a otvorili bránu pre hlavné vojsko. Križiaci vpadli do mesta a zabíjali Turkov aj s ich rodinami v nastávajúcom masakre však boli zabití aj mnohí kresťania. Veliteľ mesta bol zabitý a jeho syn sa so zbytkom obrancov utiahol do pevnosti nad mestom. Križiaci potom vylúpili domy všetkých obyvateľov bez rozdielu viery. Dobytie Antiochie prvý krát ukázalo surové jednanie, zaslepenosť a sklony k rabovaniu. Frankovia boli nadšení, že dobyli Antiochiu späť pre Krista a kresťanský kronikár napísal, že po dobytí Antiochie boli všetky námestia mesta pokryté toľkými mŕtvolami, že tam nikto nemohol byť kvôli zápachu. Nebolo možné prechádzať po uliciach ale len po mŕtvolách. Turci a Arabi boli šokovaní, no to najhoršie ich len čakalo. Krátko po obsadení mesta križiakmi došlo k obkľúčeniu mesta tureckým veliteľom Korburgom. V Antiochii neboli potraviny a križiakom sa nepodarilo preraziť obkľúčenie. Morálku križiakov nakoniec zdvihla nadprirodzená udalosť - nájdenie kopije, ktorá vraj prepichla Kristov bok. Vysokú morálku vojakov využil Bohemund, ktorý vyviedol armádu z mesta a v ťažkej bitke Turkov porazil a prinútil k úteku. Po týchto ťažkých bojoch sa križiacki velitelia dohodli na niekoľko mesačnom odpočinku, aby vojsko nabralo nové sily. V meste ale vypukla epidémia, ktorej podľahol biskup Adhémar. V jeho osobe stratili križiaci svojho duchovného vodcu a človeka, ktorý svojou autoritou dokázal prekonať rozpory medzi veliteľmi a udržať aspoň čiastočnú jednotu križiackeho vojska.