Preto Jánošík väčšinu akcií pripravoval iba s malým počtom jej členov. Niektorí tovariši však podnikali na vlastnú päsť. Jedným z týchto prípadov bolo aj postrelenie domanižského farára Juraja Vrtíka v Suchej doline pri Fačkove, ktorý na následky tohoto zranenia zomrel. A práve tento čin jeho dvoch tovarišov, Turiaka a Plavčíka, neskôr Jánošíkovi pri súde priťažil. Hrachovský kaštieľ bol prvý, ktorého väzenie zbojník Jánošík spoznal. Uväznili ich tam spolu s Uhorčíkom v októbri 1712, ale na intervenciu podžupana malohontskej stolice Lániho, ich prepustili. Zimu na prelome rokov 1712 a 1713 Jánošík trávil v Kokave a blízkom Klenovci u svojho priateľa Uhorčíka. Koncom februára alebo v marci roku 1713 asi tridsať drábov liptovskej sedrie pod vedením zemana Andreánskeho prišlo do Klenovca. V noci obkľúčili Uhorčíkov dom a Jánošíka s Uhorčíkom zlapali. Vtedy ešte netušili, že zlapali zbojníka Uhorčíka, keďže tam ho poznali pod menom Mravec. Chytili ich liptovskí drábi a odviedli do Liptova. Tu ich väznili v Palúdzke v Palugyayovskom kaštieli Vranovo. Stoličný súd Juraja Jánošíka súdil vo Svätom Mikuláši v dňoch 16. a 17. marca 1713. Súdu predsedal podžupan Liptovskej stolice Ladislav Okolicsányi. Prokurátorom bol Alexander Čemický, úradne prideleným obhájcom Baltazár Palugyay. Prísediacimi boli zástupcovia liptovskej a trenčianskej stolice. Po vypočúvaní prokurátor Čemický vystúpil so žalobou, v ktorej žiadal pre súdeného trest smrti. Po ňom nasledoval s obhajobou Baltazár Palugyay. Poukázal na poľahčujúce okolnosti, na mladý vek obvineného, na skutočnosť, že nikoho nezabil ani nezranil. Uviedol, že pri prepade domanižského farára nebol prítomný. Žiadal pre súdeného Jánošíka úplné omilostenie. V druhý deň súdu Jánošíka podrobili trpnému vypočúvaniu, ktoré bolo spojené s mučením. Potom už stoličný súd vyniesol rozsudok:

„ Ponevač podepsaný /Obžalovaný/ Juro Janošak zavrhujúce prikázaní jak božské, tak též zákon krajinský predo dvema roky dal sa na zbojstvo a vůdcem aneb hajtmanem takovým se učinil, který s tými tovariši svými na cestách zastavujúce lidí o statek /Pripravil/, áno jako se z jeho vlastného vyznáni zdá, jeho tovariši, kde on též bol prítomný, pána pátera z Domaniže prestrelili a bezbožne zamordovali. Tak též i jinších, jako jest predepsané, zlých skutkov se dopustil. Protož pro takové zlé účinky a prikázaním prestúpení má být na hák na levém boku prehnatý a tak na príklad jinších takových zločincov má být zavesený.“

Popravu mladého dvadsaťpäťročného Jánošíka vykonali ešte v podvečer 17.