Univerzitní profesori nemali za úlohu hľadať nové pravdy ani viesť k tomu študentov, ale mali im len sprostredkovať znalosť určitej disciplíny, zamerali sa len na čítanie a výklad spisov cirkvou schválených, do ktorých si študenti vpisovali poznámky. Základom vyučovania už nebola gramatika s rétorikou, ale dialektika, tvoriaca jadro siedmich slobodných umení. Vychádzalo sa z čítania spojené s výkladom textu, doplňované riešením sporných problémov formou otázok a odpovedí. Boli vedené aj verejné dišputácie.
V roku 1372 bola pražská právnická fakulta so súhlasom kráľa premenovaná na samostatnú univerzitu s vlastným rektorom. Za náboženských bojov počas 15. storočia zanikali všetky fakulty pražskej univerzity, okrem fakulty artistickej, zrušenej v roku 1609. Roku 1621 univerzitu reorganizovali jezuiti. O tri roky neskôr bola univerzita zlúčená s jezuitskou akadémiou v jeden ústav, nazývaný Universitas Carolo-Ferdinandes. Jezuitom zostala univerzita do roku 1773, do zrušenia radu.
V 17. storočí sa spolu s osvietenstvom a priemyselnou revolúciou univerzity definitívne vymanili zo závislosti od cirkvi a stali sa väčšinou štátnymi. Latinčinu ako vyučovací jazyk postupne nahradili národné jazyky, vznikla možnosť slobodného vedeckého bádania a práce učiteľov, zmenila sa forma výučby a rozvíjali sa semináre a laboratórne cvičenia.
Moderné univerzity (od konca 18. stor.) sa od historických odlišujú najmä svojou organizačnou štruktúrou – sú rozdelené do fakúlt zo špecializáciami na určité vedné oblasti. Taktiež ponúkajú aj mnohé humanitné a prírodné vedy.
Academia Istropolitana
Založením Univerzity Istropolitany Matejom Korvínom v roku 1465 sa začali písať dejiny vysokého školstva na území dnešného Slovenska. V tomto roku na žiadosť Mateja Korvína pápež Pavol II. poveril Jána Vitéza zo Sredny, arcibiskupa ostrihomského, a Jána z Čazmy ( Jána Pannónia), pécskeho biskupa, založením univerzity v Uhorsku. Roku 1467 zomrel bohatý bratislavský mešťan Gmaitl a jeho domy aj s príslušenstvom pripadli kráľovi. Matej Korvín sa rozhodol, že ich použije ako univerzitné budovy a umiestnil univerzitu do Bratislavy. Vznik Academie súvisí s ekonomickým a politickým rozvojom krajiny v 15. storočí. Bratislavská univerzita bola jedinou vysokou školou v Uhorsku.
O dva roky neskôr začala svoju činnosť štyrmi fakultami: teologickou, právnickou, lekárskou a artistickou. Škola bola zriadená podľa štatútov bolonskej univerzity a vládla na nej humanistická a protischolastická atmosféra, dôraz sa kládol na prírodné vedy, matematiku, astronómiu a medicínu. Do roku 1472 ju viedli Ján Vitéz ako kancelár univerzity a tiež bratislavský prepošt Juraj von Schönberg. Učitelia najprv prišli z Viedenskej univerzity, neskôr z Talianska a Poľska (z Krakova). Zo Slovákov tu pôsobil Vavrinec Koch (pochádzal z Krompách), ktorý prišiel do Bratislavy z viedenskej univerzity.
Profesori používali knihy z bohatej a vzácnej knižnice bratislavskej kapituly, na čo získal súhlas Juraj von Schönberg. Roku 1472 Jána Vitéza uväznili, pretože spolu s Jánom z Čazmy 1471-1472 zorganizovali sprisahanie, pri ktorom mal poľský kráľ Kazimír IV. získať uhorský trón. Viacerí učitelia nato opustili univerzitu.
Po dobití Viedne Matejom Korvínom (1485) a smrti Juraja von Schönberg (1486) nastal postupný úpadok univerzity. V rokoch 1471 – 85 zanikla najprv lekárska a právnická fakulta, v období 1486 -1490 fakulta artistická a teologická. Definitívne skončila po smrti Mateja Korvína, ktorý univerzitu financoval. Dnes je budova sídlom Divadelnej fakulty Vysokej školy muzických umení a patrí medzi sedem Národných kultúrnych pamiatok (NKP) v Bratislave.
