Trnavská univerzita

Arcibiskup František Forgáč daroval v roku 1615 opustený dominikánsky kláštor s kostolom jezuitskému kolégiu. Ostrihomský arcibiskup Peter Pázmaň vydal 12. mája 1635 zakladajúcu listinu univerzity do rúk jej prvého rektora Juraja Dobronokiho. Trnavská univerzita bola slávnostne otvorená 13. novembra 1635. Nezávislosť jej zaručovala zlatá bula Ferdinanda II. z 18. októbra 1635. Ktorá jej potvrdila výsady iných univerzít. Spočiatku bola typickou jezuitskou univerzitou s artistickou a teologickou fakultou, zameranou na vzdelanie duchovných. Neskôr sa rozšírila o právnickú (1667) a lekársku fakultu (1670) . Za svojho pôsobenia v Trnave dosiahla úroveň európskych univerzít. Niektorí jej profesori boli medzinárodne uznávaní a ich diela boli prekladané do viacerých cudzích jazykov. Dôležitú úlohu spĺňala univerzitná kníhtlačiareň a jej knižná produkcia. Univerzitná lekáreň slúžila aj obyvateľom mesta a pomohla im najmä v rokoch epidémií. V roku 1773 sprístupnili aj bohatú knižnicu univerzity (v tom čase obsahovala okolo 17 000 zväzkov).
Činnosť univerzity v Trnave sa ukončila v roku 1777, keď bola presťahovaná do Budína a odtiaľ v roku 1834 do Pešti.

Košická univerzita

Bola najvýznamnejšia vysoká škola vtedajšej Európy. Tak ako Trnavská univerzita mala byť významnou protireformačnou univerzitou na záchranu katolicizmu v Uhorsku a nástrojom Habsburgovcov na upevnenie ich panstva, narušeného povstaniami uhorských stavov počas 17. stor.
Košickú univerzitu založil a odovzdal jezuitom jágerský biskup B. Kisdy r. 1657. Leopold I. 7. 9. 1660 zlatou bulou potvrdil text Kisdyho zakladajúcej listiny, vzal ju do cisárskej ochrany a preniesol na ňu všetky práva a výsady, ktoré mali ostatné univerzity v monarchii (Praha, Viedeň, Trnava a i.). Slávnostné vyhlásenie zlatej buly sa uskutočnilo súčasne s prvými promóciami na konci letného semestra r. 1661. Prvým rektorom Košickej univerzity bol M. Palkovič. Košická univerzita mala právo udeľovať doktoráty, licenciáty a bakalaureáty. Pri Košickej univerzite bolo zriadené akademické gymnázium ako prípravka na univerzitné štúdium (gymnázium bolo organickou súčasťou Košickej univerzity, nazývalo sa aj facultas linguarum a malo vlastného dekana).
V roku 1659 bol pre poslucháčov Košickej univerzity založený konvikt (domov hlavne pre študentov teológie). K univerzite bolo pričlenené jezuitské kolégium, založené v Košiciach ešte pred jej vznikom. V roku 1665 bol pri Košickej univerzite založený kňazský seminár. Univerzita mala 3 fakulty: filozofickú (trojročné štúdium) a teologickú (štvorročné štúdium) a právnickú.
Od r. 1664 mala svoju tlačiareň, kde tlačili tézy, programy, dizertácie a vedecké práce univerzitných profesorov i potrebné písomnosti pre univerzitu a obstarávali učebnice pre študentov. Tlačiareň vydávala kalendáre v slovenčine, nemčine a maďarčine. Na univerzite študovalo 400-600 študentov, r. 1752 629 študentov. V zmysle ustanovenia Ratio educationis sa Košická univerzita r. 1777 pretvorila na Košickú akadémiu.