V roku 1938 začala doprava v Bratislave čoraz viac pociťovať napätie v Európe. 7. októbra 1938 boli kvôli Viedenskej arbitráži zrušené Linky E a L, pretože Československo muselo odstúpiť Petržalku Nemecku. Nahradnú dopravu pre Petržalčanov zabezpečovali v období od 10. októbra 1938 do 11. apríla 1941 rakúske autobusy na linke 1463 Berg - Dunajský most, pripojnej ku vlakovej trati 463 z Viedne. V nasledujúcom roku sa po vzore Nemecka prešlo na pravostrannú premávku, čo si vyžiadalo prestavbu všetkých autobusov; pri obojsmerných električkách úpravy neboli potrebné. Začali sa vyrábať električkové vozne vlastnej výroby zo serií ev. č. 31 až 45. Linky Cd a Ck sa zlúčili do linky C. Vďaka všeobecnej mobilizácii odchádzajú dve tretiny personálu a niekoľko autobusov, čo si vynútilo zamestnávanie dôchodcov a aj žien ako sprievodkýň.
Autobusovy park bol v roku 1939 rozšírený o 10 autobusov MAN - Diesel, ktoré už boli stavané pre pravostrannú premávku. BEUS dostal splnomocnenie od Ministerstva dopravy a verejných prác na začatie prípravných prác na zriadenie trolejbusovej dopravy. 12. decembra 1940 sa spoločnosť Elektrická lokálna železnica Bratislava - Krajinská hranica (BKH) uzniesla na svojej likvidácii. Likvidácia bola ukončená 31.12.1942. Počas vojny začína byť situácia v MHD kritická. Rýchly rozvoj mesta vyvoláva stále väčšiu záťaž na dopravu a začínajú sa hladať úsporné a optimalizačné opatrenia. Obmedzuje sa premávka MHD po 22. hodine, pre zvýšenie obežnej rýchlosti vozidiel sa rušia niektoré zástavky a pásmova tarifa, vo vozidlách začínajú pracovať dvaja sprievodcovia. Vďaka týmto opatreniam sa podarilo udržať dopravu na takej úrovni, že sa už ďalej nezhoršovala.
Začiatkom roku 1941 bola skončená prestavba petržalskej (nemeckej) časti lokálnej železnice na normálny rozchod. Doprava na trati Wien - Engerau (Petržalka) sa začala v tom istom roku. Celá trať viedla územím Nemecka a bola v prevádzke až do 3. apríla 1945, potom zanikla. Obnovená bola až v roku 1998, avšak už nie v pôvodnej podobe a jej petržalská časť je zaradená do siete železníc Slovenskej republiky.
V roku 1941 sa začala výstavba 792-metrového tunela pod hradom. Počas vojny slúžil ako protiletecký kryt, dokončený bol v roku 1949. Najskôr bol určený pre chodcov a automobilovú dopravu vrátane autobusov, od roku 1983 však slúži len električkovej
doprave. Portál na Skalnej ulici je o 18 metrov vyššie ako portál na nábreží. V marci 1941 sa začala stavba trolejbusového trolejového vedenia, vďaka čomu sa po 26 rokoch 31. júla 1941 vrátili do bratislavských ulíc trolejbusy. Novootvorená trolejbusová linka M s trasou Slovenské národné divadlo - Jesenského - Grosslingova - Karadžičova - Legionárska - Šancova - Hlavná stanica nahradila autobusovú linku M. Na trati jazdili trolejbusy MAN - Siemens, ktoré boli dodané v rokoch 1941 a 1942 v počte 14 kusov. Ich zaujímavosťou bolo to, že zberače prúdu mali upevnené v jednej rovine nad sebou a nemali lana na ich sťahovanie. Bola tiež vybudovaná manipulačná trolejová trať z vozovne na Pribinovej ulici cez Dostojevského rád po Grosslingovu ulicu. Trať bola v prevádzke do roku 1964. Troleje boli napájané napätím 550 V - tak ako v električkovej doprave. Už 1. októbra bola otvorená druhá trolejbusová linka P zo Žabotovej ulice cez Pražskú a Brniansku ulicu na Patrónku, ktorá nahradila autobusovú linku P.
V roku 1942 bola ukončená výmena lyrovych zberačov prúdu električiek za pantografy. Podnik objednal elektrickú výzbroj
Siemens pre nové elekričky, ktorá však bola dodaná až o dva roky neskôr a samotné vozne postavené až o 7-8 rokov neskôr. 16. novembra 1943 bola zavedená už tretia trolejbusová linka H z Červeného kríža cez Palisády a Hodžovo námestie na Kolibu. Aj táto linka nahradila autobusy. V tom istom roku bola predĺžená električková trať z Novej doby po Zátišie, ale pre nedostatok
električiek nebola sprevádzkovaná. Bolo dodaných 15 vlečných vozňov rakúskej firmy Simmering Graz - Pauker (SGP) s ev. č. 101 až 115. 1. januára 1944 sa zaviedlo číselné označovanie liniek. Linky boli prečíslované následovne:
