Obrovská turecká armáda 16. júna obkľúčila Viedeň a Thökölyho kuruci mali za úlohu dobyť Bratislavu. Namiesto boja sa však skôr venovali lúpeniu po celom západnom Slovensku i blízkej Morave. Potom prišiel 12. september 1683, kedy vojská vojvodu Lotrinského, kniežaťa bádenského a poľského kráľa Jána III. Sobieskeho, po celodennej bitke porazili tureckú armádu. Tá zanechala pri Viedni celý tábor a dvadsaťtisíc mŕtvych. Porážka Turkov pri Viedni mal pre vývoj Thökölyho povstania neblahé dôsledky. Začalo sa rozsiahle zatýkanie povstalcov vo všetkých slovenských stoliciach a najmä v pokorenom Prešove. Armády cisára Leopolda I. (1640-1705) postupne obsadzovali územia, ktoré predtým získal a dokonca 2. septembra 1686 oslobodili od Turkov Budín. Čoskoro na tú udalosti vo Viedni Thököly stratil takmer celé horné Uhorsko. Väčšina Thökölyho spojencov na vývoj udalostí reagovala po svojom. V polovici januára 1684 prisahala v Bratislave vernosť Leopoldovi I., čím mu otvorila ďalší priestor pre útok na východnom Slovensku. Začal na jeseň roku 1684.

V jeho prvej fáze kuruci utrpeli jednu zo svojich najväčších porážok. Bitka sa odohrala pri Prešove na kopci Šibeňa hura. Priamy úder na mesto dočasne zastavila krutá zima, ktorá roku 1684 prišla rýchlejšie, ako bývalo zvykom. Neočakávaný oddych využil veliteľ prešovskej posádky Šimon Feldmayer z nemeckého Küstrinu k intenzívnym opevňovacím prácam. Cisársky generál Schultz zoskupil v lete nasledujúceho roku pod mestskými hradbami ohromnú silu. Napriek tomu Prešovčania odolávali obliehaniu dlhých sedem týždňov, aby sa nakoniec cisárskej moci poddali. Schultzovi sa už tiež asi veľmi bojovať nechcelo, pretože prešovským vyjednávačom sa podarilo dohodnúť pomerne výhodné podmienky kapitulácie – kurucká posádka mohla mesto bez problémov opustiť, mešťanom bola zaručená nedotknuteľnosť ich majetku i náboženského presvedčenia a dokonca im bola udelená cisárska milosť. Prešov však musel na svoje útraty vydržiavať cisársku posádku, ktorá sa v ňom usadila.

Perzekúcia: Generál Schultz podmienky kapitulácie nebral príliš vážne. Len čo pominuli najväčšie problémy, začal prešovských evanjelikov prenasledovať. Odobral im kostoly a školu, na čo v januári 1687 reagovali tým, že začali organizovať finančnú zbierku, z výťažku ktorej hodlali postaviť nový kostol a kúpiť budovu pre novú školu. Podľa cisárskych informátorov ale zbierka bola pláštikom pre sústreďovanie finančných prostriedkov, určených pre vykúpenie Thökölyho priaznivca Andreja Szirmaya z väzenia, čo bolo chápané ako nepriateľský akt.

Omnoho závažnejšia bola ale druhá forma odporu prešovských evanjelikov. Viacerí z nich nadviazali písomný styk s Helenou Zrínskou, manželkou Imricha Thökölyho, ktorá sídlila na neďalekom hrade v Mukačeve. Hviezda Imricha Thökölyho zapadla skôr než by sa nazdal a už v tomto období sa nenachádzal v Uhorsku, ale v Turecku, kde chcel dožiť svoj život. Sultán mu pridelil rozsiahle majetky v Turecku a príslušný titul. Jeho manželka zostala zatiaľ jediná, kto v Uhorsku v zmenených podmienkach bránil jeho záujmy. Nebol to ale už žiaden veľký boj. Cisárske jednotky ju i s malou hradnou posádkou v Mukačeve obkľúčili a bolo len otázkou času, kedy hrad padne. Helena Zrínska sa ale útoku bránila až do roku 1868. Do tej doby ale každý písomný styk s ňou bol cisárovým rozkazom prísne zakázaný, čo Prešovčania porušili. Všetky tieto informácie sa dostali do uší generálovi Antoniovi Caraffovi (1646-1693), vrchnému veliteľovi cisárskych jednotiek v Hornom Uhorsku, tzn. na Slovensku. Tento generál bol hlavným aktérom najkrvavejšieho zúčtovania v meste Prešov. Hneď ako to len bolo možné sa obrátil priamo na cisára Leopolda I. a vyžiadal si od neho plnú moc na likvidáciu celého „sprisahania“. V Prešove sa objavil v januári 1867, kde okamžite rozvinul svoju aktivitu a ustanovil mimoriadny súd, na ktorom popravili dvadsaťštyri povstalcov (hlavne z radov šľachticov, ale aj mešťanov) a to tak, že im najprv uťali ruky, potom hlavu a rozštvrtených ich na hákoch povešali na hradské cesty ako výstrahu.

Uskutočnili sa 3 procesy, pričom najväčší počet obetí priniesol druhý proces uskutočnení 22. marca 1867. Tretí proces sa konal 9. mája 1687, na ktorom bol popravený aj posol Andrej Székel, Thökölyho radca a priateľ Juraj Bezegh. Tento Krvavý postup proti stavovskej opozícii vošiel do dejín ako „prešovské jatky“. Vlna teroru a ťaženia proti protestantom, spojená s pokusom o nastolenie absolutizmu, však ani tentoraz nemala za následok úplné podriadenie sa krajiny cisárovi, ktorý si na sneme v Bratislave roku 1687 nechal odhlasovať dedičnosť uhorskej koruny v habsburskom rode „po meči“. Nespokojní boli šľachtici, mešťania i poddaní. Imrich Thököly po bojoch v tureckých službách na Balkáne odišiel ďaleko do Malej Ázii, v Nikomédii, kde napokon v roku 1705 zomrel. Do strednej Európy a rodného Kežmarku sa vrátil až v roku 1906, keď preniesli domov jeho pozostatky a uložili ich v miestnom evanjelickom kostole.