Po Svätoplukovej smrti Veľká Morava stratila predtým pripojené územia. Roku 894 sa Mojmír II. po plieneniach staromaďarských jazdcov vzdal územia Panónie v prospech Arnulfa Korutánskeho. Roku 895 sa pri prvej príležitosti od Veľkej Moravy odtrhli Čechy a stali sa vazalom Arnulfa Korutánskeho. Čechy teda boli súčasťou Veľkej Moravy len 4-7 rokov (888/890-894/895) a prešli svojim vlastným vývojom. Roku 896 dobyli starí Maďari, ktorí práve definitívne prešli cez Karpaty do dnešného Maďarska, veľkomoravské územia horného Potisia a podnikli odtiaľ veľkú lúpežnú výpravu proti Lombardsku. Podporovali ich pri tom buď bavorské alebo veľkomoravské vojská. Na jar roku 900 sa starí Maďari už nevrátili do Potisia, ale usadili sa v Panónii severne od Balatonu.

Roku 898 sa Mojmír II. obrátil s prosbou na pápeža v Ríme, aby znova posilnil cirkevnú nezávisloť veľkomoravskej provincie, keďže sa po smrti arcibiskupa Metoda (pozri dolu) a strate Wichinga (pozri dolu), prvého biskupa v Nitre, Veľká Morava opäť dostala do vplyvu bavorského kléru. V zime roku 898/899 potom Bavori, rozhorčení touto prosbou, vyplienili Veľkú Moravu a po odchode Bavorov Mojmír II. obkľúčil Svätopluka II., ktorého Bavori podporovali, v nejakom hrade. Bavori sa vrátili, oslobodili Svätopluka II. a vzali ho do Bavorska.

Roku 899 na základe prosby Mojmíra II. prišli na Veľkú Moravu pápežovi vyslanci a vysvätili štyroch miestnych biskupov a jedného arcibiskupa. O týchto osobách vieme len to, že jedna z nich mala sídlo v Nitre.

Hoci ešte v lete roku 900 Veľká Morava plienila spolu so staromaďarskými kmeňmi Bavorsko, uzavrela zoči voči spoločnému nepriateľovi - Maďarom - Východofranská ríša (Ľudovít Dieťa) a Veľkomoravská ríša (Mojmír II.) mierovú zmluvu. Tento mier ukončil aj konflikty medzi Veľkou Moravou a východofranským vazalským štátom Čechami, trvajúci od roku 895.

Roku 902 zaútočili starí Maďari prvýkrát na centrálne územie Veľkej Moravy, boli však porazení. Roku 904 zas bavorské vojská zastavili starých Maďarov západne od Viedenského lesa. Pri nasledujúcich rokovaniach Bavori zabili staromaďarského kmeňového náčelníka menom Kusala, čo jednak malo za následok strašnú staromaďarskú pomstu (pozri ďalej) a jednak posilnilo pozíciu iného staromaďarského náčelníka - Arpáda, zakladateľa dynastie Arpádovcov.

Zánik Veľkej Moravy

Podľa Raffelstettenského colného štatútu (nem. Raffelstettener Zollordnung) starí Maďari ešte v rokoch 905 až 906 nemali vplyv na Veľkej Morave. Roku 906 Veľká Morava porazila starých Maďarov vo viacerých bitkách. Pritom pravdepodobne umreli Mojmír II. aj Svätopluk II., ktorý sa pravdepodobne roku 901 vrátil z Bavorska. Na druhej strane sa starým Maďarom podarilo poraziť Bavorov a prejsť na výprave do Saského vojvodstva cez Veľkú Moravu. V lete roku 907 potom nasledovali rozhodujúce tri bitky pri Bratislave (Brezalauspurcu), ktoré sa tiež nazývajú bavorsko-maďarská vojna. Bavori utrpeli totálnu porážku a Východnú Marku (Rakúsko) potom až do roku 955 obsadili starí Maďari. Väčšina historických prameňov v tejto súvislosti Veľkú Moravu nespomína, ale jeden prameň hovorí, že veľkomoravské vojská bojovali spolu s Bavormi. Keďže sa v súvislosti s poslednou bitkou (9. augusta) navyše nepriamo spomína, že maďarské územie v oblasti juhozápadného Slovenska končilo na Dunaji, považuje sa až tento dátum za koniec centrálnej moci Veľkej Moravy. Krajina (mesto ???) „Morava“ sa sporadicky spomína aj neskôr (napr. roku 942).


Cyril a Metod na Veľkej Morave

Prvé roky na Veľkej Morave (863 - 867)

Roku 863 alebo 864 (podľa tradície 5. júla 863) prišli na Veľkú Moravu dvaja bratia sv. Konštantín zvaný Filozof (neskoršie prijal rehoľné meno Cyril) a sv. Metod. Filozof Konštantín osobitne pre túto misiu vyvinul prvú slovanskú abecedu - hlaholiku, priniesol so sebou symbol byzantského dvojkríža (ktorý je dnes v slovenskom znaku), zvolil si tzv. staroslovenčinu (= starú cirkevnú slovančinu), čiže kultivovanú macedónčinu z okolia Solúna, za jazyk, ktorý bude počas misie používať, a priniesol so sebou prvé preklady liturgických a biblických textov, ktoré už predtým pripravil s Metodom.