Univerzita bola zo začiatku skôr združením škôl, v ktorým mal každý učiteľ určitý počet svojich žiakov. Tieto združenia škôl sa delili podľa disciplín na fakulty: Prípravná fakulta slobodných umení (artistická, primala najmladších študentov) a vyššie fakulty kanonického práva, lekárske a fakulty teológie. Hlavou univerzity sa v roku 1250 stal rektor vybraný z národov artistickej fakulty. Ten však nepôsobil na fakulte dlho, pretože rektor sa volil každé tri mesiace.
V 13. storočí sa k univerzite pričlenilo niekoľko kláštorov, mníšskych a žobravých rádov. Za účel tohto pripojenia malo byt umožnenie najlepším študentom teológiu vyštudovať a získať univerzitný diplom. Tento prístup však prekážal svetským učiteľom, až z toho v roku 1250-1256 vznikol konflikt, čím sa však nič nevyriešilo, pretože tento spôsob výučby pápež aj tak začlenil do univerzity.

Pre univerzitných študentov sa okolo roku 1257 začínajú zriaďovať ubytovne. Zo začiatku to boli ubytovne najmä pre chudobných študentov univerzity no neskôr sa z nich stali nezávislé spoločenstvá so špecifickým intelektuálnym životom. Popri ubytovniach (internátoch) vznikali aj univerzitné knižnice ako ich súčasť.
Od roku 1170 sa na nariadenie pápeža Alexandra III., za štúdium neplatilo.

Oxfordská Univerzita: oxfordská univerzita bola založená v roku 1167 (1178) aj keď jej založenie bolo potvrdene až v roku 1214 listinou pápežského legátu. Univerzita sa v podstate vyvinula z pobočky parížskej univerzity (pri opátstve Oseney). Označenie universitas sa pre túto školu použilo až v roku 1219. Na čele univerzity bol pápežom menovaný kancelár a jedným z prvých kancelárov bol aj známy filozof a lincolnský biskup Robert Grossett.