Komitáty
Štefan sa zaslúžil o rozvoj (ak nie vôbec vznik) systému komitátov, ktorý prevzal z Nitrianska (to zas z Veľkej Moravy) a čiastočne z Nemecka. Komitátne hrady boli na území Slovenska a severného Maďarska často identické s hradmi bývalej Veľkej Moravy. K prvým štyrom uhorským komitátom (Vyšehradský, Stoličnobelehradský, Vesprémsky a Rábsky; pravdepodobne vytvorené už za Gejzu) pribudli roku 997 nové komitáty na území porazených zadunajských staromaďarských kniežať/náčelníkov: Šomoď, Kolon (neskôr Zala), Tolna, Baraňa, Požega, Vukovar. Ďalej zriadil pohraničné komitáty Mošon, Šopron a Vaš (Železný komitát). Podobne po podrobení Sedmohradska v roku 1003 vytvoril na jeho území dva veľké komitáty: na severe komitát Doboka (sídlo Zombor), ktorý dostal meno podľa svojho prvého župana Doboku (Dabica), a na juhu komitát Fehér (sídlo Alba Iulia). Po dobytí marošvárskej oblasti roku 1028 zas analogicky vznikol Čanádsky komitát, pomenovaný podľa župana Čanáda. Najneskôr roku 1029 (po znovuzískaní územia Slovenska od Poľska) – ak nie už koncom 10. stor. - existovali už aj komitáty Bratislavský, Nitriansky, Komárňanský, Tekovský, Ostrihomský, Hontiansky, Trenčiansky, asi aj Turniansky a Novohradský. Jágerský komitát asi vznikol okolo roku 1009 v súvislosti so svadbou Samuela Abu z tejto oblasti so Štefanovou sestrou (pozri hore).
Záver vlády
Štefan chystal trón pre svojho syna Imricha, no 24-ročný princ 2. septembra 1031 nečakane podľahol zraneniu, ktoré mu počas poľovačky spôsobil diviak. S (oprávnenými) nárokmi na trón vystúpil uväznený kráľov bratranec Vazul, na ktorom však Štefanovi prekážalo jeho bývalé konanie v Nitriansku, údajne aj jeho prílišný príklon k pohanstvu alebo k Byzancii. Podobné argumenty platili aj pre ďalších štyroch žijúcich Arpádovcov: Vazulových troch synov (Levente, Ondrej (budúci uhorský kráľ) a Belo (budúci uhorský kráľ)) a Domoslava, syna Ladislava Lysého. Štefan ich teda všetkých obišiel a z Benátok povolal a za nástupcu určil Petra Orseola, syna benátskeho dóžu Ota Orseolu (ktorý toho roku zomrel) a svojej sestry. Vazul s tým prejavil nesúhlas, načo ho Štefan dal oslepiť (1031, podľa iných názorov 1033 alebo 1036/37), okrem toho mu údajne kat v nitrianskom väzení zalial uši horúcim olovom.
Vazulovi a Ladislavovi synovia utiekli do Čiech (všetci) a odtiaľ do Poľska (Belo) alebo do Kyjeva (Ondrej a Levente). Keďže sa im podarilo v zahraničí získať spojencov, Uhorsko čakali po Štefanovej smrti roky bojov o trón. Neskôr sa títo potomkovia nitrianskych vládcov stali predkami všetkých uhorských kráľov, prípadne niektorí samotnými kráľmi. Podobne dal kedysi Štefanov otec Gejza zavraždiť svojho brata, nitrianske knieža Michala. Dôsledky pekne formuluje tzv. Kniha kráľov: [Michal a Vazul] „boli obeťami a zlým svedomím zakladateľov uhorského štátu. Hoci boli priamymi predkami všetkých nasledujúcich arpádovských kráľov, ich mená vypadli z arpádovského rodokmeňa, nikto z kráľovského rodu ich už nedal svojim potomkom.“
Štefan zomrel 15. augusta 1038 a jeho kráľovstvo zdedil Peter Orseolo. Bol slávnostne pochovaný v Stoličnom Belehrade (Székésfehérvár).
Po smrti
Idealizovaný portrét Štefana, zobrazeného s korunou a s kráľovskou kopijou, sa zachoval na uhorskom korunovačnom plášti (čo bol pluviál, ktorý pôvodne darovala Gizela). Už skoro po Štefanovej smrti okolo neho zrejme vznikol kult. Na popud Ladislava I. bol Štefan roku 1083 vyhlásený za svätého (spolu s jeho synom Imrichom, čanádskym biskupom Gerardom (Gellértom), svätým Svoradom a inými), napriek tomu, že Štefan dal počas svojho života zavraždiť prinajmenšom niekoľko ľudí. Už koncom 11. storočia sa donácie svätého Štefana považovali za základ zemepanského vlastníctva a od Zlatej Buly Ondreja II. z roku 1222 sa „slobody krajiny“ považujú za slobody „darované“ svätým Štefanom. Pravá Štefanova ruka, nájdená neporušená v hrobe, sa zachovala dodnes a je relikviou. Relikvia jeho hlavy sa ešte v roku 1440 nachádzala v Stoličnom Belehrade, ale dnes je už stratená