Panovníkove úpravy v prospech miest boli priznanie práva vydávať štatúty právo volne disponovať mestským majetkom, slobodne voliť a kontrolovať činnosť mestských orgánov, právo slobodnej voľby richtára podľa zlatej buly z roku 1238 a zákaz predávať súkno na lakte. Trnava sa pripravovala na husitské vojská, no mašťania si toto neuvedomovali. Husitipri na svojom ďalšom postupe Trnavu obišli cez Bíňovce, Orešany a Modru prišli k Bratislave. Po vypálení Podhradia a bratislavského predmestia sa husitské vojská priblížili k Trnave. Zničili celé oklie a vyplienili a vypálili. Na čele vojsk proti husitom boli v roku 1430 Štibor zo Štiboríc, Ján zo Zlatých Moraviec a ostrožský knieža Fridrich. Po oslabení sa Husiti stiahli na Moravu. Nebol to ich úplný ústup. Nový vpád sa uskutočnil 1431 pri Domažliciach. Potom cez Považie prišli ku Hlohovcu. Okolo 24.6. 1432 sa Husiti priblížili k Trnave tak, že nič netušiacich mešťanov prepadli v jarmočnú noc. V auguste 1433 po nájazdoch na Bratislavu sa začalo neúspešné rokovanie feudálov s husitským veliteľom Blažkom s Borotína, aby za výkupné opustil Trnavu. V roku 1435 Husiti pri odchode z Trnavy pobrali nazhromaždený majetok, cenné bohoslužobné predmety z kostolov a z mestského archívu vzali najdôležitejšie privilégiá spolu aj so zlatou bulou. Späť to získali vykúpením. Do mesta sa zasa začali sťahovať majetní nemci. Po Žigmundovej smrti jeho nástupca Albrecht pokračoval vo zveľaďovaní tohto mesta. Nariadil opevniť mesto a ozbrojiť. Trnavčania sa snažili o obnovenie svojich privilégií, tie najdôležitejšie získali. Albrecht im roku 1438 potvrdil zlatú bulu Bela IV.

Zdĺhavé národnostné spory a konflikty Nemcov so Slovákmi vyvrcholili roku 1486, keď kráľ Matej urobil v tejto veci poriadok. Uznal ostatnému slovenskému ľudu skutočné postavenie v meste. Na čelo štátu prichádza novozvolený panovník Vladslav II. Pre Trnavu bol významný i Pavol Holý. Dal postaviť kostol sv. Michala, ktorý sa stal na viac ako tri storočia centrom slovenskej národnosti v meste. I keď v úradnom styku je stále preferovaná latinčina a čeština, viditeľne narastá i počet slovenských písomností so súkromným či majetkovo-právnym obsahom. Na začiatku 16. storočia, vďaka slabému panovníkovy sa Trnava a iné kráľovské mestá dostali do rozvrátenosti a neistoty. Po občianskej vojne sa prevažná väčšina Slovenska pridala k Ferinandovi. Tak sa Trnava opäť stala kultúrnym a cirkevným strediskom. Roku 1543 sa ostrihomská kapitula preťahovala do Trnavy. Nový richtár mesta Peter Sámbocký uviedol do platnosti dekrét Ferdinanta I. zo 4. apríla 1551, ktorým panovník opätovne riešil nepokoje v Trnave. Richtári sa mali striedať podľa poradia: Slovák, Nemec, Maďar.