Mesto, aby zvýšilo svoju bezpečnosť si dalo zavolať architekta Pietra Ferrabosca, ktorý prestaval a spevnil múry. Tak mesto kvitlo obchodom, vybudovalo si tzv. vnútorný mlyn, odkúpilo pivovar a spravovalo tehelne. Novou dominantou v tomto období sa stal dóm, vystavaný v rokoch 1380-1430 v tzv. pozdnogotickom slohu. Keďže mesto malo málo architektonických dominánt začalo stavať radnicu. Tá nahradila doterajší „dom konzília“. Stavebnou udalosťou storočia sa stala výstavba mestskej veže. Vystaval ju majster Jakub so svojími pomocníkmi v renesančnom slohu. Neskoršia baroková prestavba pochádza z 18. storočia. V meste sa najmä v 15. a 16. storočí rozvinuli cechy. Trnava, s viac ako päťdesiatimi cechmi, bola piatym mestom na Slovensku. V 16. storočí, po rozvrátení cirkevnej organizácie v krajine, sa stala jedným z centier protireformačných tendencií. Roku 1561 arcibiskup Oláh povolal jezuitov do Trnavy a zveril im vedenie mestskej školy. V tomto období sa Trnava stala i sídlom prvej kníhtlačiarne.

V 17. storočí bolo na našom území množstvo vojen. Krajinu posnačili mohutné stavové povstania, nájazdy tureckých hord. Prakticky všetky povstania - Štefana Bocskaya, Gabriela Bethlema, Juraja Rákocziho, Imricha Thökölyho i Františka Rákocziho II. sa existančne dotýkali života v meste. Istú dobu boli korunovačné klenoty prechovávané v Trnave. Požiar, v roku 1666, údajne založený tureckými špehmi zničil véľkú časť mesta. Roku 1655 uhorský snem zrovnoprávnil kvôli konsolidácii krajiny Nemcov, Maďarov a Slovákov. Priznal im prednosť pri udeľovaní maštianstva pred cudzincami. Táto legalizácia slovenskej národnosti bola dôležitá pre vývoj Trnavy. Mesto sa poslovenčuje najmä v období trvania Trnavskej univerzity (1635-1777) založenej vzdelaným a rozhľadeným Petrom Pázmanym. Univerzita mala spočiatku iba dve fakulty: filozofickú a technologickú. Právnická fakulta pribudla až v roku 1677 a posledná fakulta medicíny až v roku 1769, keď ju osobitným dekrétom schválila Mária Terézia. Sedemnáste storočie výrazne zmenilo siluetu mesta. Dovtedajšie dominanty najmä saklárneho charakteru taktiež podľahli módnej prestavbe, tentoraz v barokovom slohu. Prvým veľkým zásahom bola výstavba novej univerzitnej baziliky sv. Jána Krstiteľa. Roku 1633 bol postavený františkánsky kostol. Skôr ako sa Tranava ocitla v prúde osvieteneckých myšlienok novej epochy 18.storočia, zažila ešte jedno významné vojenské ťaženie ruku 1703 František Rákoczi II. zahájil posledné zo série protihabsburských povstaní. Napokon roku 1711, po niekoľkých mesiacoch vojen, sa ukončilo vyše storočné obdobie bojov.