Všetci dostali, čo chceli len slovenské mestá a dediny zostali spustošené.

V zmysle pragmatickej sankcie nastúpila roku 1740 na trón žena. Energická a rozvážna Mária Terézia presvedčila napokon nenásytnú šľachtu, že „. . . kto chce strihať ovcu, musí ju najprv kŕmiť“. Presadila mnohé reformy, najmä urbár, krorý sa stal zákonnou normou poddaných k vzťahu k zemepánom až do skončenia feudalizmu, teda do roku 1848. Nastalo storočie osvieteneckých myšlinok a reforiem. Trnava ako sídlo univerzity mala vynikajúcu povesť. Vážení páni profesori a stále veselá chasa študentov dodávali Trnave zvláštne čaro. K univerzite patrila i botanická záhrada s 950 druhmi exotických a liečivých rastlín, ďalej knižnica s 15 tisíc zväzkami. Univerzita mala vlastnú lekáreň. Mária Terézia dekrétom z februára 1777 rozhodla presťahovať Trnavskú univerzitu do Pešti a neskôr do Budína. Trnava sa rapídne preslovenčila. Už v polovici 18. storočia sa hovorilo tzv. kultúrnou západoslovenčinou. Túto skutočnosť rešpektoval i Jozef II. keď pri návšteve Trnavy prehovoril k ľudu po slovensky. Pričinením kodifikátora prvého spisovného jazyka Antona Bernoláka roku 1792 tu vzniklo Slovenské učené tovarišstvo ako spoločnosť pre šírenie reči slovenskej. V dôsledku cirkevnej reformy súvisiacej s centralizačným procesom v krajine odišlo z Trnavy roku 1820 ostrihomské arcibiskupstvo. Na sklonku roku 1830 sa v krajine začala šíriť morová epidémia. Naprik veľkej starostlivosti lekárov v nasledujúcom roku zachvátil mor aj Trnavu. O život prišlo vyše osemsto občanov. Je paradoxom, že práve v tomto roku na hlavnom námestí prebiehali stavebné práce na výstavbe budovy mestského divadla. Roku 1838 začala výstavba prvej železnice v uhorsku a v júni 1846 už prvý vlak ťahaný koňmi prišiel z Prešporku do Trnavy. Od mája 1873 bola táto železnica prestavaná na parný pohon.
Známe marcové zákony z roku 1848 o zrušení poddanstva znamenali prvý prevratný moment pre formovanie podmienok nástupu kapitalizmu. Utvorila sa v meste národná garda, ktorej úlohou bolo chrániť mesto a bezpečnosť občanov. Trnava za Bachovej éry v rokoch 1850-1860 stratila výsady slobodného kráľovského mesta. Ešte stále prevládala sféra remeselnej výroby. Až v poslednej tretine 19. storočia možno hovoriť, že priemyselná výroba sa stala rozhodujújem odvetvím. Roku 1870 v tzv. matičnom období vznikajú v meste dve významné národné inštitúcie: Beseda slovenská a Spolok sv. Vojtecha, ktorý najmä po zániku Matice slovenskej organizoval ľudovovýchovnú a národno - osvetovú činnosť. Trnava v druhej polovici 19. storočia stratila typický ráz feudálneho mesta.