Po počiatočných úspechoch Uhorska vzrástlo turecké ohrozenie. Žigmund sa ešte mierovou cestou snažil urovnať konflikt so sultánom Bajazidom. Ale vedel, že sa konfliktu už nevyhne. Preto vyzval na vyhlásenie križiackej výpravy proti Turkom. Pomoc dostal z Poľska, Nemecka, Čiech, Anglicka, Benátok. Táto armáda mala k dispozícii približne 35-tisíc vojakov. Vojsko tureckého sultána Bajazida malo oveľa všší počet. Žigmund 18. augusta 1396 prekročil Dunaj pri Oršove (dnes na srbsko-rumunskej hranici). Tiahli smerom na Vidin a Rachovo. 12. septembra stáli pred Nikopolom. Križiaci sa zdržali obliehaním mesto, čo využil turecký sultán a ponáhľal sa so svojou 40/45-tisícovou armádou na pomoc. Medzitým v križiackom tábore vznikol spor o to, kto má začať boj. Došlo k zrušeniu jednotného vedenia armády, čo de facto oslabilo celú armádu. Rozhodujúcu bitka sa odohrala 28. septembra. Križiaci boli porazení. Ich zvyšky aj so Žigmundom utekali k benátskej flotile na Dunaji. No flotila nemohla všetkých nalodiť. Tí, čo ostali na brehu, boli Turkami zatlačení do Dunaja, kde sa utopili. Veľa z nich padlo aj do tureckého zajatia.
Táto zdrvujúca porážka mala pre Žigmunda v Uhorsku ťažký politicko-diplomatický dosah. Turci obsadili Bosnu, Sriem a útočili až do oblasti Štajerska. K všeobecnému úpadku jeho moci prispela aj smrť kráľovnej Márie v roku 1385, ktorá vo vysokom štádiu tehotenstva spadla z koňa. Po jej smrti vystúpila s nárokom na trón jej sestra Hedviga, kráľovná Poľska s manželom Vladislavov Jagelovským. Tieto nároky však ostali len formalitou, keďže myšlienka uhorsko-poľskej únie už bola mŕtva.
Pod vplyvom týchto udalostí sa v roku 1397 zišiel v Temešvári snem, ktorého ustanovenia sa zamerali na zvýšenie obranyschopnosti, platenie portálnej dane, zákony proti cudzincom a Židom. Ale aj naďalej sa v krajine stupňuje napätie voči kráľovi, ktoré sa zvyšovali vojenskými neúspechmi proti Turkom, ale aj tvrdými opatreniami panovníka voči odporcom. Kráľovi vyčítali zlú vládu, preferovanie cudzincov, utláčanie šľachty, nerešpektovanie jej výsad a svojvoľné sľubovanie trónu.
28. apríla 1401 si šľachta vynútila na Budínskom hrade prijatie u kráľa, ktorý sa ocitol v moci vzbúrencov, ktorý ho odviedli na Višegrád a odtiaľ na hrad Siklós. Uväznenie kráľa bolo signálom na vyháňanie cudzincov z kráľovstva. Nejednotnosť šľachty a bezradnosť, komu vlastne korunu ponúknuť, spôsobila, že hľadali cestu, ako sa so Žigmundom zmieriť. Koncom októbra 1401 bol kráľ prepustený na slobodu. Musel sa však na sneme v Pápe zaviazať, že sa za túto zradu šľachte nepomstí. Žigmund nevyužil toto oslobodenie na posilnenie svojej moci v Uhorsku, ale dal sa do zložitej diplomatickej hry v Čechách a v Nemeckej ríši. V snahe získať spojencov proti Ladislavovi Neapolskému v roku 1402 potvrdil dedičné dohody medzi Habsburgovcami a Luxemburgovcami. Boje medzi Žigmundom a Ladislavom na dalmátskom pobreží trvali od roku 1402 až do roku 1409, kedy Ladislav predal Dalmáciu Benátkam. Ladislava v boji o uhorský trón podporoval sám pápež, a preto Žigmund zhabal cirkvi v Uhorsku značnú časť majetkov a vydal v roku 1404 tzv. Placentum regium, čiže zákaz publikovania pápežských búl v krajine bez súhlasu kráľa.
V období po porážke Ladislava Neapolského, a do vypuknutia husitského hnutia možno označiť v Žigmundovej politike za úspešné. Podarilo sa mu konsolidovať vnútorné pomery, čo mu v priebehu husitského hnutia umožnilo dlhodobo sa zdržiavať mimo krajiny. V roku 1405 vydal Malý dekrét, ktorým upevnil postavenie mešťanov kráľovských miest v administratívnej, hospodárskej a súdnej oblasti. Zmiereniu so šľachtou dopomohol aj sobáš v roku 1405 s Barborou, dcérou Hermana Celjského. Vekový rozdiel medzi nimi bol 24 rokov. Barbora v roku 1409 porodila dcéru Alžbetu a tak kráľovstvo opäť ostalo bez mužského následníka. Kráľovi sa na sneme v Bratislave v roku 1411 podarilo presadiť za dedičku kráľovstva svoju dcéru Alžbetu. Za jej budúceho manžela označil Albrechta Habsburského. V tom istom roku získal aj nemeckú kráľovskú korunu.
V roku 1412 počas prípravy na vojnu s Benátkami dal Žigmund do zálohy poľskému kráľovi 13 spišských miest, ktoré patrili Poľsku až do roku 1772.
Posledné roky vlády Žigmunda Luxemburského boli poznačené bojmi s husitmi a snahou získať českú korunu. Po úpadku husitského hnutia sa roku 1436 stáva českým kráľom. Ako prvý uhorský panovník sa v roku 1433 stáva aj rímskym cisárom. Zomiera v roku 1437 v Znojme bez mužského potomka.
Okolo roku 1430 sa Žigmund rozhodol, že vďaka centrálnej polohe Bratislavy v jeho stredoeurópskej ríši, premení Bratislavský hrad na najväčší hrad v Európe a sídlo jeho ríše. V rokoch 1430–1435 sa síce uskutočnila veľká rekonštrukcia hradu, ale Žigmund na hrade nakoniec nesídlil (sídlil v meste pod hradom) a plány sa nerealizovali.
Po smrti Žigmunda Luxemburského v roku 1437 sa jeho nástupcom stáva manžel jeho dcéry Alžbety Albrech Habsburský. Albrecht vládol len necelé dva roky. Zomiera v roku 1439 na červienku počas protitureckej výpravy. Albrechtovi sa aspoň dočasne podarilo spojiť uhorskú, českú korunu s rakúskymi územiami, čím vytvoril predobraz budúcej podunajskej monarchie. Po jeho smrti sa v Uhorsku zdvihla nová vlna feudálnej anarchie a na južné hranice štátu stále častejšie útočili Turci.
