Na jar roku 1440 tiahol Vladislav s vojskom z Poľska cez Spiš do Budína. Sľúbil vrátenie zálohy – 13 spišských miest, štedro obdarovával šľachtu majetkami a mestám udeľoval výsady. V júni 1440 bol v Stoličnom Belehrade korunovaný ako Vladislav I. Jagelovský.
Alžbeta však ešte predtým stihla dať korunovať dvojmesačného syna Ladislava za kráľa. So svojím dvorom sa presťahovala najprv do Rábu a potom do Bratislava. Keďže sa nachádzala v pomerne zložitej situácii, odovzdala korunovačné klenoty a aj svojho syna Fridrichovi Habsburskému. Za to dostala pôžičku, ktorá jej umožnila najať vojsko, na čele ktorého stál Ján Jiskra z Brandýsa.
Už v polovici roku 1440 sa dostali Jiskrové vojská na východné Slovensko, kde obsadili Košice, Levoču a Bardejov. Slovensko sa tak stalo centrom hlavných bojov, ktoré trvali až do roku 1442, kedy obe strany uzavreli mier, ktorým Alžbeta uznala Vladislava za kráľa, ale nástupnícke práva mali ostať zachované pre jej syna. Krátko na to Alžbeta zomrela (pravdepodobne bola otrávená). Legitímnosť ďalšieho pôsobenia Jána Jiskru na Slovensku zabezpečil cisár Fridrich III. ako tútor nedospelého Ladislava V.
Napriek prímeriu boje pokračovali ďalej. Jiskra obsadil takmer všetky významné miesta na východnom a strednom Slovensku. V roku 1443 dobyl Spišský hrad, ktorý sa stal jedným z jeho hlavných sídel.
Kráľ Vladislav I. sa chystal v roku 1443 na výpravu proti Turkom, a preto uzatvára s Jiskrom prímerie. Uhorsko-poľské vojská su pri Varne v roku 1444 porazené. V bitke dokonca padol aj kráľ Vladislav. Táto porážka a smrť kráľa menia aj vnútropolitickú situáciu v Uhorsku.
Ladislav V. Pohrobok na základe mieru z roku 1442 dosiahol uznanie svojej vlády. Keďže kráľ bol ešte maloletý, tak na sneme v roku 1445 boli správou krajiny poverení siedmi kapitáni :
a) za tzv. národnú stranu – Ján Huňady, Mikuláš Ujlaky, Juraj Rozgoň, Michal Ország,
b) za tzv. kráľovskú stranu – Ján Jiskra, Pongrác zo Sv. Mikuláša, Imrich Bubek.
Na sneme roku 1446 zvolili Jána Huňadyho za gubernátora celého uhorského kráľovstva. Huňady uzavrel dohodu s Jiskrom, podľa ktorej sa Jiskra stal uhorským šľachticom, ponechal mu príjmy z niekoľkých východoslovenských miest a niekoľko hradov.
V roku 1447 bolo na sneme zrušené poverenie siedmich kapitánov a tak všetká moc prešla do rúk Jána Huňadyho. Napätie medzi Jiskrom a Huňadym sa postupne zvyšovalo, až v roku 1447 prepuklo v otvorený konflikt.
Pongrác zo Sv. Mikuláša spolu s Komorovskovcami ako stúpenci Huňadyho napadli Banskú Bystricu a začali plieniť aj Spiš. Jiskra ich útok odrazil a donútil Huňadyho v Rimavskej Sobote roku 1447 uzavrieť prímerie. Huňady mal vyplatiť 10 600 zlatých Jiskrovým žoldnierom, ale nikdy sa tak nestalo.
Huňady uskutočnil v roku 1448 veľkú výpravu proti sultánovi Muradovi II. Po porážke na Kosovom poli bol nútený uzavrieť mier s Osmanskou ríšou. Po tejto prehre sa začal viac venovať bojom s Jiskrom. Podarilo sa mu dobyť pevnosť v Moldave, ktorej posádku nechal zmrzačiť. Plienil okolie Kremnice. V roku 1450 uzavreli prímerie, ktoré však nemalo dlhé trvanie. Huňady utrpel v roku 1451 ťažkú porážku pri Lučenci.
Boje trvali už príliš dlho a tak postupne Jiskra strácal spojencov v radoch šľachty aj miest. Preto roku 1452 s Huňadym uzatvára mier. Ponechal si len Spišský hrad, Levoču a príjmy z Kežmarku.
Fridrich III. vydal v roku 1453 Ladislava V. Pohrobka späť do Uhorska, kde sa dostal pod silný vplyv Jána Huňadyho. Jiskra sa dostal do nemilosti a zbavili ho majetkov. Opustil teda krajinu, ale už v roku 1454 ho Ladislav povoláva späť na pomoc proti bratríkom.
Bratríci – vojenský ľud, Poliaci, Nemci, Maďari, Ukrajinci, Slováci, ktorých rozvrátené spoločenské pomery a bieda pripravili o domov. Predmetom ich záujmu sa stali hlavne kláštory a bohaté panstvá. V rokoch 1447 až 1448 napadli kláštory v Lechnici, Štiavniku, Jasove, Novom Meste nad Váhom. Bratrícke hnutie sa rozmohlo najmä po tom, čo Jiskra opustil Uhorsko. Masy vojakov, ktorým roky nevyplácal žold sa teda začali živiť na úkor kláštorov a bohatých feudálov. Postupne sa k nim pridali aj bývalí Jiskrovi velitelia. Najvýznamnejším z nich bol Petr Aksamit z Kosova. Pod jeho velím dosiahlo bratrícke hnutie v rokoch 1453 – 1458 najväčší rozmach. V roku 1458 mali v rukách 36 hradov a táborov (Chmeľov, Jasov, Hanigovce, Muráň, Košeca).
Pod vplyvom bratríkov vypukli mnohé ozbrojené sedliacke povstanie. Šľachta sa však nezmohla na spoločný zásah.
V roku 1456 vyslal kráľ Ladislav proti bratríkom vojsko, na čele ktorého stál Huňadyho syn Ladislav. Ten sa však neodvážil otvorene s nimi bojovať, a preto s Aksamitom uzavrel mier. Ani Jiskra proti ním otvorene nevystúpil, zmohol sa len na vybavovanie si účtov so svojimi bývalými veliteľmi.
V roku 1456 zomiera na mor Ján Huňady v protitureckom tábore pri Belehrade. Jeho oponenti vystúpili. Ladislav Huňady zabil jedného z nich, grófa Cillyho, za čo ho kráľ Ladislav V. Pohorbok dal popraviť a jeho mladšieho brata Mateja uväzniť v Prahe pod dozorom Jiřího z Poděbrad. V novembri 1457 však Ladislav V. zomiera počas príprav na sobáš. Dlho sa predpokladalo, že bol otrávený, ale výskumy z 20. storočia ukázali, že s najväčšou pravdepodobnosťou zomrel na leukémiu.
Uhorský snem už v januári roku 1458 zvolil nového kráľa a to syna Jána Huňadyho Mateja. Jiskra opäť opúšťa Uhorsko. Tentokrát na pokyn cisára Fridricha III., aby ponúkol poľskému kráľovi Kazimírovi IV. Jagelovskému uhorskú korunu. Ten ju však odmietol.
Napriek tomu, že Petr Aksamit podporoval Mateja v nástupníctve na trón, kráľ sa rozhodol definitívne skoncovať s bratríckym hnutím. V máji 1458 sa odohrala bitka pri Blatnom Potoku, v ktorej padol aj Petr Aksamit. Túto porážku považujeme za začiatok konca bratríckeho hnutia.
