januára 1988 minister zahraničných vecí ZSSR E. A. Ševardnadze počas rozhovorov s Nadžíbulláhom v Kábule naznačil snahu sovietskeho vedenia vyriešiť situáciu v Afganistane, stiahnuť sovietsky kontigent na územie ZSSR a urýchliť zavŕšenie afgánsko – pakistanských rozhovorov v Ženeve. Savietske snahy o zavŕšenie ženevských rokovaní však narážali na odpor pakistanského vedenia a afgánskej opozície. Z pakistanského hľadiska sa ako najväčšia prekážka predstavovala skompromitovaná vláda ĽDSA, s ktorou Pakistan odmietal rokovať. Spornou bola i osoba prezidenta Afganistanu Nadžíbulláha. Váhavý postoj Pakistanu sa podarilo postupne zmeniť na základe dôležitého kroku, ktorým bolo vyhlásenie vlád ZSSR a Afgánskej republiky z 6. februára 1988 o stanovení konkrétneho termínu - 15. mája 1988 - sťahovania sovietskych vojsk. 14. apríla 1988 ministri zahraničných vecí Afganistanu Abdal Vakíl a Pakistanu Zajn Nuraní podpísali záverečné protokoly ženevských dohôd v prítomnosti generálneho tajomníka 0SN Javiera Péreza de Cuellara a sprostredkovateľa OSN D. Cordoveza. Garantmi dohôd boli ministri zahraničných „vecí ZSSR a USA Eduard Ševardnadze a George Shultz. ZSSR a USA sa zaviazali nezasahovať do vnútorných záležitostí Afganistanu i Pakistanu. ZSSR potvrdil svoje stanovisko v otázke sťahovania sovietskych vojsk s Afganistanu. 15. mája 1988 začalo postupné sťahovanie sovietskych vojsk pod vedením generálporučíka Borisa Gromova. K 15. augustu 1988 bolo z územia Afganistanu odsunutých 50% sovietskych jednotiek. Ďalšia etapa bola určená na obdobie od 15. novembra 1988 do 15. februára 1989. Islamská afgánska opozícia sa 15. apríla 1988 zišla v Čamkaní pri Pešaváre a vyjadrila svoj odmietavý postoj ku podpísaniu ženevských dohôd. Ako príčiny uviedla neúčasť svojich zástupcov v Ženeve a naopak pritomnosť „nezákonnej .. a bábkovej vlády Nadžíba.“ Predstavitelia islamských opozičných strán preto vyhlásili svoj úmýsel pokračovať v džiháde. Vojenské oddiely opozície však dostali rozkaz nebrániť sovietskym vojskám v presune do ZSSR. Ahmad Šach Massúd uvoľnil trasu vedúcu z Kábulu na sever Afganistanu. Vzápätí však opozícia s celou silou udrela na juhoafgánske mestá Chóst, Džalalabád a Kandahár. Niektorí umiernenejší vojenskí velitelia však prestali s bojovými akciami, lebo podľa nich "džihád skončil ..., keďže káfirovia(neveriaci) odišli.“ 15.