Treba však konštatovať, že mnohé „pohanské“ zvyky cirkev mlčky tolerovala, lebo neohrozovali ani morálku, ani jednotu cirkvi. Sektári však predstavovali inú skupinu. Taký hĺbavec, ktorý začal touto spoločnosťou pohŕdať sa utiahol do ústrania aby žil ako prví kresťania. Tak vznikali pustovníci-eremiti. Takéto hnutie cirkev, prirodzene, nemala dôvod potláčať, lebo neohrozovalo moc kléru. Keď sa však začali takíto prísni vyznávači Kristovho učenia združovať, začala si cirkev všímať ich ciele. Oficiálny postoj cirkvi voči takýmto združeniam sa spravoval podľa toho, či tieto skupiny uznávali biskupov a pápežský primát a akým spôsobom brojili proti cirkevným neporiadkom. Pozitívne skupiny dostali od cirkvi „požehnanie“; stali sa z nich rehole – rády a pápeži ich dokonca požívali na potláčanie iných „neposlušných“ skupín. Členov odbojných skupín vyhlasovali za kacírov, heretikov. Kacíri boli nebezpeční pre jednotu cirkvi, lebo otvorene bojovali proti pápežstvu. Preto prvoradou úlohou biskupov bolo odhaľovať kacírov. Pátranie po kacíroch sa nazývalo inquisitio haereticae pravitatis – vyhľadávanie kacírskej neprávosti. Názov „inquisitio“ sa však používal nielen pre tú časť biskupského procesu, ktorá sa kryje s pojmom predbežné vyhľadávanie v trestnom konaní, ale pre celý proces ktorý sa končil vynesením rozsudku biskupského súdu. Cirkevné právo usilujúce sa prinútiť vinníka k priznaniu viny len miernymi prostriedkami, pôvodne nedovoľovalo používať tortúru. Tvrdohlavého kacíra však mohol stihnúť najprísnejší cirkevný trest, a to exkomunikácia, vylúčenie zo zväzku cirkvi. Exkomunikovaný sa stal z právneho hľadiska vydedencom. Kacír-heretik je protištátnym zločincom, a preto ho „svetské rameno“ (t. j. potlačovacia moc štátneho aparátu) trestá ako synov cirkvi. Keď neskôr začali stíhať kacírov aj svetské súdy, používala sa už tortúra. Pod vplyvom veľkého rozmachu kacírstva v Európe začína cirkev sprísňovať jednak systém odhaľovania kacírov, t. j. inkvizičné konanie, a jednak tresty. Usvedčeného kacíra odovzdáva svetskej vrchnosti na spravodlivé potrestanie. Tortúru pred biskupskými súdmi pripúšťa cirkev od roku 1252. Od tých čias aj v konaní podľa kanonického práva bolo možné obvineného donucovať k priznaniu mučením. Zrejme však ani to nestačilo na úspešné potláčanie kacírstva, a preto sa o pár rokov neskôr uskutočnila centralizácia cirkevného súdnictva. V roku 1281 pápež Gregor IX. vyňal inkvizíciu z právomoci biskupských súdov, a to údajne pre ich miernosť a nedostatok iniciatívy, a zaviedol centrálnu pápežskú inkvizíciu.