Funkciu vyhľadávania a trestania kacírov zveril dvom reholiam – františkánskej a dominikánskej, a tým z nich vytvoril akési cirkevné bezpečnostné orgány. Príslušníci týchto dvoch reholí sa stali stálymi pápežskými inkvizítormi. Jednak tajne pátrali po heretikoch, t. j. vykonávali spravodajstvo, a jednak obsadzovali inkvizičné súdy. Cirkevné súdy však vykonávali iba tú časť procesu, ktorá sa končila usvedčením obvineného z kacírstva, t. j. vyslovovali vinu. Na vyslovenie trestu už bola oprávnená a povolaná svetská vrchnosť. Keď niekoho cirkevný inkvizičný súd uznal vinným, odovzdal ho svetskej vrchnosti na potrestanie a tá vtedy pre usvedčených kacírov poznala jediný druh trestu: upálenie. Hlavnou zásadou inkvizičného procesu bola tajnosť konania, a to nielen utajenie dôkazných prameňov. Inkvizičný proces nepoznal riadne opravné prostriedky, konanie bolo písomné (platila zásada, čo sa nenachádza v spisoch, nie je na svete, t. j. neexistuje), bola predpísaná záväznosť niektorých dôkazov, takže sudca ich nesmel hodnotiť podľa svojho subjektívneho presvedčenia. Obvinený bol inkvizít, bol iba objektom konania, a hoci vo všeobecnosti platila zásada, že obvinený má v inkvizičnom konaní povinnosť dokázať svoju nevinu, v skutočnosti to nebolo možné. Nepoznal mená osôb, ktoré ho udali, ani meno žalobcu a mohli mu zatajiť aj mená svedkov. Ak bol v inkvizičnom konaní niekto obvinený z kacírstva, za svedkov mohli použiť aj exkomunikované osoby a krivoprísažníkov. A napriek tomu, že obvinený bol v inkvizičnom procese oslobodený, mohol byť iba za samo podozrenie z kacírstva, hoci nedokázané, odsúdený na trest doživotného väzenia. To bola prezumpcia viny bez ohľadu na rozsudok. Neplatila zásada – nie dvakrát za to isté; pri opätovnom podozrení z toho istého činu mohol byť znovu postavený pred inkvizičný súd. Dôsledky odsúdenia kacíra inkvizíciou postihovali aj jeho nevinné príbuzenstvo. Smrťou nezanikala trestnosť kacírstva, lebo aj osoba, ktorá zomrela, mohla byť inkvizíciou odsúdená ako kacír. Motívom boli zrejme dôsledky, ktoré inak vždy postihovali na smrť odsúdeného a popraveného kacíra: zhabanie celého jeho majetku. Najpovestnejšia inkvizícia bola v Španielsku. Dokonca kedykoľvek sa o inkvizícii hovorí hanlivo, vždy sa používa epiteton „španielska“. Na jej čele stál tzv. Veľký inkvizítor. Vymenúval ho kráľ a pápež musel vymenovanie potvrdiť. Španieli zaviedli inkvizíciu aj v Holandsku. V Španielsku trvala inkvizícia až do roku 1834. V Čechách bola inkvizícia sústredená pri pražskom biskupstve. V Nemecku sa pokúšali zavádzať inkvizíciu až v 13.