Cirkevná vrchnosť ich prenasledovala a zakazovala ich učenie, pretože v nich videla nebezpečenstvo a ohrozenie svojej moci. Popierali totiž pápežský primát, neuznávali organizáciu cirkvi, učili že každý nábožný kresťan bez rozdielu pohlavia sa môže stať kňazom a môže kázať, spovedať a vysluhovať sviatosti, najmä však učili, že koho ťaží hriech, nemôže platne vysluhovať sviatosti. Bibliu pretlmočili do jazyka ľudu, zádušné omše a modlitby za zomretých vyhlasovali za bezcenné a všetky druhy krviprelievania, prísahu a lož za smrteľné hriechy. Tým v podstate napadli nielen cirkev, ale aj svetskú vrchnosť. V listine z roku 1391 sa ako valdénske centrá spomínajú Poľsko, Uhorsko, Bavorsko, Švábsko a Sasko. V tom istom roku sa do rúk rakúskej inkvizície dostali aj dvaja kacíri z Uhorska: istý krajčír Šimon a obuvník Gottfried. Z konca 14. storočia poznáme mená ešte dvoch uhorských valdéncov – Jakuba Budaya a Petra Erdélyho. Ako inkvizítor v Uhorsku a Rakúsku v tom čase pôsobil Peter Zwicker, vedúca osobnosť nemeckej rehole celestínov. Nemilosrdnosť jeho pôsobenia dosvedčuje nielen veľký počet odsúdených, ale aj skutočnosť, že na listine obetí sa objavuje aj desaťročné dieťa. Verdikt vo veci šopronských valdéncov bol vynesený roku 1401. Tresty boli rozmanité: niektorých prijali späť do lona cirkvi, ale nariadili im nosiť na šatách kríž modrej farby, iní sa museli kajať, na omši museli byť oddelení od ostatných veriacich, denne museli odriekať určitý počet modlitieb k Panne Márii a iným svätým. V rozsudku sa nariadilo zbúrať domy, v ktorých sa predtým kacíri schádzali, cintoríny, na ktorých boli kacíri pochovaní znova vysvätiť, telesné pozostatky kacírov vykopať z hrobov a spáliť. Miernosť týchto rozsudkov je očividná, ale zrejme len preto, že išlo o obyčajných príslušníkov kacírskeho hnutia, kým väčšina jeho vedúcich predstaviteľov zavčasu ušla a niektorí boli súdení osobitne.
Všeobecná mienka je taká, že v Uhorsku sa podarilo cirkevným súdom vyhubiť všetky sekty. Nesúhlasí to však so skutočnosťou, lebo aj v neskorších obdobiach sa objavujú stopy po kacíroch. V Uhorsku sa totiž veľmi rýchlo rozšírilo aj husitské hnutie, ktoré malo veľa spoločného s učením valdéncov. V Nitrianskom biskupstve už v roku 1418 pôsobila inkvizícia proti husitským kacírom. V dvadsiatych rokoch 15. storočia vypukli otvorené povstania v oblastiach Jasova, Medzeva a Trnavy. Husitské hnutie sa rozšírilo dokonca aj do južných častí Uhorska, za rieku Tisu. Po skončení husitských vojen sa uhorská vládnúca trieda obrátila na pápežský dvor s prosbou, aby do ich kacírskym hnutím nakazenej krajiny poslal inkvizítora.