O dva roky neskôr sa nechal zvoliť za doživotného konzula a o tri roky nato za cisára Francúzov. Napoleonove reformy s najdlhšou pôsobnosťou spadajú do obdobia konzulátu. Vytvoril centralizovanú štruktúru, ktorá pretrváva dodnes. K tomu patrilo aj nové rozdelenie krajiny na departementy na čele s perfektami, ktorí mu priamo podliehali. Zorganizoval jednotnú daň a finančný systém. Zákonníkom Code civil (1804-1810) dôrazne ovplyvnil štátny a spoločenský život. Vo svojich rysoch platí vo Francúzku ešte dodnes. Uzatvoril s pápežom konkordát (1801) bez toho, aby vrátil revolúciou získané majetky. Novo vybudovaný školský systém vymanil spod rúk cirkvi. Gymnázia a univerzity si až do dnešných čias zachovali napoleonskú štruktúru. Na vrchole svojej moci chcel, obnoviť a zavŕšiť dielo Karola Veľkého. Nemecká ríša musela v roku 1803 potvrdiť odstúpenie ľavého brehu Rýna. Roku 1806 vytvorilo 16 nemeckých kniežat Rýnsky spolok pod protektorátom Napoleona a vystúpilo z Ríšskeho zväzku. V bitke pri Slavkove1805 (bitka troch cisárov) porazil spojené vojská Prusov, Rusov a Rakúšanov. Zároveň sa však musel zmieriť s druhou porážkou Anglickom. Plán invázie cez prieliv Lamanche stroskotal stratou francúzkej flotily pri Trafalgare. Po porážke Prusov, vtiahol Napoleon do Berlína a vyhlásil kontinentálnu blokádu Anglicku. Portugalsko a Španielsko boli podrobené. Druhé manželstvo uzavrel s Máriou Lujzou, dcérou rakúskeho cisára, ktorá mu porodila syna (Rímsky kráľ). Vzostup Napoleona sa začína od roku 1808 povstaním v Španielsku. Bolo síce potlačené, ale nepokoje partizánskych oddielov pretrvávali naďalej. Aj Rakúsko sa v roku 1809 postavilo na odpor. Napriek porážke Napoleona pri Asperne, Rakúsko víťazstvo nedosiahlo. A ďalšie iné povstania stroskotali. Keď v roku 1810 Ruský cár prelomil kontinentálnu blokádu, začal Napoleon svoje najväčšie vojenské ťaženie. Chcel poraziť „Londýn v Moskve“ V Júni 1812 prekročil rieku Nemen so sedemsto tisíc vojakmi. Dosiahol Moskvu, ktorú našiel v plameňoch. Keď prepukla tuhá ruská zima, Napoleon zavelil na ústup. Veľká armáda bola zničená. Napoleon odchádza do Paríža na saniach a pokúšal sa vytvoriť novú armádu. Kontinuita Ruska, Pruska, Rakúska a Anglicka spôsobila Napoleonovu porážku v bitke národov pri Lipsku v Októbri 1813. V Marci 1814 vtiahli spojenci do Paríža, 6. Apríla Napoleon musel abdikovať a odísť do vyhnanstva na ostrov Elba. O rok neskôr sa viedenský kongres zaoberal otázkou za nové usporiadanie Európy. Napoleon sa vrátil na obdobie sto dní. Zároveň ho čakala porážka pri Waterloo 1815.