Ich jedinou potravou im bol starý suchár a skazená slanina. A často nemali ani to. Nečudo, že námorníci tých čias z nedostatku vitamínov a potrebnej stravy často ochoreli na skorbut. Museli znášať ukrutnú horúčavu, ktorú cez noc vystriedala neľútostná zima. To malo za následok rôzne úpaly no a niektorí boli vďaka veľkým zimám podchladení. Najhoršie však bolo vedomie, že tu sú sami, ďaleko od domova a bez vedomia, kam smerujú. A veľmi sa báli toho, že keď zomrú, nebude nikto, kto by poslal správu o ich smrti.

Magalhaes sa musel vyrovnať s niekoľkými vzburami, no dezercii lodí Santiago a San Antoniu nedokázal zabrániť. Keď prechádzal prielivom pri terajšej Južnej Amerike, temer sa rozplakal, lebo ho našiel on. Tunajší domorodci pomenovali tento prieliv po Magalhaesovej smrti: Magalhaesov prieliv .
Po dlhých útrapách jeho vyhladnutí a zmorení námorníci objavili južnú cestu a natrafili na skupinu ostrovov – na Filipíny. Na ostrove Cebu ich však postihlo ďalšie, vlastne najväčšie nešťastie – pri zrážke s domorodcami, ktorých náčelníkom bol Labu Labu dňa 27.apríla 1521 Fernao Magalhaes zahynul. Ostávajúci námorníci sa rozhodli potopiť loď Concepción, aby ostali zvyšné dve lode plavbyschopné. Lode Victoria a Trinidad sa teda rozhodli v hľadaní Ostrovov korenia pokračovať. „Lodivod, ktorý nás sprevádza,“ píše kapitán jednej z lodí, „nám povedal, že sú to Moluky. Všetci sme ďakovali Bohu a na dôkaz radosti sme vystrelili. Nie div, že sme boli takí blažení, lebo bez dvoch dní sme strávili dvadsaťsedem mesiacov jedine hľadaním týchto ostrovov a krížom-krážom sme sa pri tomto hľadaní plavili medzi nespočetnými ostrovmi.“(S. Zweig: Magellan, str.189.) Magalhaes sa teda osobne na vysnívané ostrovy nedostal, avšak jeho výprave sa to podarilo. Pretože pri ceste domov utrpela nehodu i loď Trinidad, za deväť mesiacov spustila v Španielsku kotvy len posledná loď Victoria s 18 mužmi.