S dusivou atmosférou násilnej maďarizácie vo vlasti, v ktorej pre Slováka neexistovala možnosť uplatnenia, kontrastuje skutočnosť, že po návrate do Paríža mu Francúzska astronomická spoločnosť udeľuje Janssenovu cenu. Stáva sa riaditeľom observatória na Mont Blanku. Striedavo sa lieči a opäť podniká vedecké výpravy do Alžírska, Tunisu a saharskej púšte. Keď viedli Štefánika roku 1910 vedecké pozorovania na ostrov Tahity, stretáva sa cestou v Spojených štátoch amerických s našimi krajanmi a presviedča ich, že vzhľadom na teror a bezohľadnú politiku uhorskej vlády náš národ môže dosiahnuť národnú slobodu len s ich pomocou. Po pozorovaniach Halleyovej kométy na spiatočnej ceste navštevuje ešte hvezdáreň jezuitov v Austrálii a koncom júla 1911 sa vracia z Oceánie vyčerpaný s podlomeným zdravím. V roku 1912 však Štefánik po obdržaní francúzskeho štátneho občianstva opäť odchádza skúmať ďalšie zatmenie Slnka do Brazílie.
V Európe už bolo cítiť zvyšujúce sa politické napätie a tak, keď sa v apríli 1913 stretla celá Štefánikova rodina na pohrebe jeho otca, vyslovil svojmu bratovi obavy, že v nastávajúcej vojne budú obaja bojovať na opačných frontoch. Predbežne sa mu však zdalo, že sa blíži k dosiahnutiu svojho vytúženého cieľa, k zriadeniu samostatnej modernej hvezdárne na Tahity, vybavenej aj rádiostanicou meteorologickej služby pre moreplavbu. Keď bol však poverený rokovať o získaní koncesie na zriadenie druhej rádiostanice s vládou Ekvádoru, vydával sa vlastne Štefánik na dráhu diplomacie. Významnú etapu svojho života, zasvätenú vede, definitívne uzavrel rok, začiatkom augusta 1914, keď ho v Maroku pri zriaďovaní observatória zastihlo vyhlásenie mobilizácie. Francúzska vláda mu udelila ešte kríž rytiera Čestnej légie za výsledky výskumu, v ktorom mu už nebolo súdené pokračovať.
Etapu aktívneho boja za oslobodenie svojej vlasti začína M.R. Štefánik v januári 1915 ako vojak francúzskej armády dobrovoľne sa hlásiaci k letectvu. Čoskoro odchádza na front k Arrasu, kde uskutočňuje so svojim mechanikom odvážne výskumné lety. Velenie prijíma jeho plán zavedenia meteorologickej služby vo francúzskej armáde, sám zriaďuje prvé pozorovacie stanice, opäť podniká výzvedné lety hlboko v tyle nepriateľa pre potrebyhlavného stanu srbského frontu, prežíva mohutnú balkánsku ofenzívu nepriateľských armád, opakované ostreľovania a poškodenia lietadla, núdzové pristátia a nakoniec i haváriu, po ktorej nasledujú útrapy ústupu, až sa nakoniec ocitá vyčerpaný strádaním v nemocnici v Ríme. O desať dní však už je v Parížia popredný redaktori uverejňujú rad článkov na základe Štefánikových poznatkov z balkánskeho frontu.