Aj v Pentapolitane, spolku piatich východoslovenských miest, ktorý sa sformoval ešte v 14. storočí, často čelili konkurencii iných miest, predovšetkým Košíc. Vývoj Levoče pribrzdila, ale nemohla zastaviť ani Moháčska katastrofa v roku 1526, ani boje o uhorský trón medzi Jánom Zápoľským a Ferdinandom Habsburským. Levoča sa musela vysporiadť aj s veľkými škodami, ktoré spôsobili požiare v rokoch 1550 a 1559. Silnému a bohatému mestu sa podarilo zdolať aj tieto pohromy a udržať si svoje významné postavenie až do konca 16. storočia. Levoču obkolesovalo dodnes zachované mestské opevnenie, ktoré sa niekoľko krát prestavovalo. Architektúra meštiackych domov na námestí postupne prechádzala z gotickej do renesančnej podoby, ktorú poznáme v súčasnosti. V renesančnom slohu bola postavená aj radnica. Strediskami duchovnej kultúry boli náboženské bratstvá a predovšetkým kostoly. V priebehu storočí to bol postupne kostol sv. Mikuláša, sv. Ducha, kostol sv. Jána a pravdepodobne aj kostol sv. Alžbety. Najvýznamnejší z nich je však chrám sv. Jakuba európskeho významu. Slúži ku cti mesta, že už od 15. storočia podporovalo vzdelanosť a časť penazí dávalo na školu. Jej rektorom v 16. storočí bol aj anglický poet Leonard Coxe. Bola tu tiež knižnica, lekáreň, kúpele a pôsobili tu aj lekári. Úroveň a vážnosť slobodného mesta Levoče vo vtedajšom uhorsku svedčí aj to, že si ju králi vybrali za miesto svojich schôdzok (išlo o návštevu Mateja Korvína v 1474 a stretnutie štyroch bratov Jágelovcov o 20 rokov neskôr, medzi nimi jedného poľského a jedného uhorského panovníka). Zdá sa, že v 15. a 16. storočí je vrcholom vývoja Levoče aj preto, že sa tu zišla táto vhodná kombinácia obchodníkov, remeselníkov, umelcov, vzdelancov i ostatných obyvateľov. Ich celoživotné snaženie sa pozitívne odrazilo aj na pozdvihnutí mesta. Výsledky pretrvali storočia a sú viditeľné podnes.

Levoča v období stavovských povstaní

Od dôb vojen s turkami na konci 16. storočia sa situácia v uhorsku skomplikovala a vyústila do stavovských povstaní. Tieto udalosti mali neblahý vplyv aj na ťažko vydobité miesto Levoče, ako honosného sídla Spiša. Uhorská šlachta vytláčaná zo svojich pozícií, našla východisko v protihabsburgskom odboji. Celé 17. storočie a ešte aj začiatok 18. storočia sa nesie v znamení šľachtických povstaní pod vedením Bočkaya, Betléna, Rákoczyho I. a II. a ďalších. Z obdobia kuruckých vojen sa zachovala aj literárne spracovaná legenda o levočskej bielej pani. Pokoja nepridávali ani náboženské spory spôsobené reformáciou a rekatolizáciou.