In Österreich, den habsburgischen Erblanden, gingen in den Zeiten der Kaiser Maximilian II. (1564-1576) , Rudolf II. (1576-1612), und Matthias (1612-1619) Adlige und Bürger in hellen Haufen zum Luthertum über. Der junge Erzherzog Ferdinand von Steiermark begann mit der Rekatholisierung, zunächst nur in seinem Herzogtum, mit der Konsequenz, die diesem frommen und gutmütigen, gleichzeitig zähen, fanatischen und überaus wagemutigen Kaiser eigen war.
Was immer die Habsburger waren, ihr Begriff von Herrschaft vertrug sich nicht mit den mächtigen Ständen, ihr Begriff von Religion nicht mit der Freiheit der Protestanten. Der erste Ferdinand und sein Nachfolger Maximilian II waren zu staatsklug gewesen, um das, was sie vorfanden, über den Haufen zu rennen. Der Nachfolger von Kaiser Maximilian II. war sein ältester Sohn , Rudolf II. Unter Rudolf II arteten die Tendenzen in einen offenen Kampf aus. Da der geisteskranke Monarch weder stark genug war, um sich durchzusetzen, noch klug genug, um sich zu arrangieren, so folgte eine Periode chaotischen Kampfes. Sein Bruder Matthias war ihm zwar gleichgesinnt, jedoch klüger. Er machte seinen Frieden mit den Österreichern, mit den Ungarn, das heißt mit den Ständen dieser Länder, die Protestanten mit eingeschlossen, mit den Türken, und mit dem rebellischen Fürstentum Siebenbürgen. 1609 schloß Rudolf einen ähnlichen Vertrag mit Böhmen, das ihm noch blieb, bis der Bruder mit Truppenmacht einmarschierte und ihn auch von diesem Thron verdrängte. Mathias wurde König von Böhmen und nach dem Tod von Rudolf auch Kaiser. Seit Jahrhunderten war das böhmische Königreich ein Mittelpunkt europäischer Politik, somit war er einer der mächtigsten Herren des Kontinents. Er räumte den böhmischen Ständen weitgehende Rechte ein, die der freien Religionsausübung gleichkamen. Dennoch rebellierten die Stände. Aus dem Jahre 1613 gibt es einen Brief des Kaisers Matthias an seinen Vetter von Steiermark, in dem er sich pessimistisch über die Zukunft der deutschen Habsburger äußert: Bis zu seinem Tode werde die Sache wohl noch halten, danach aber auseinanderbrechen. Nirgends habe er die Macht, die einem König zustehe. Der ungarische Adel spreche offen von seiner Beseitigung, verweigere ihm jede Hilfe gegen die Türken. In Böhmen könne er nichts tun ohne die Stände und könne auch wieder nichts mit ihnen tun, wenn er ihnen nicht die weitreichenden Versprechungen erfüllte, die er ihnen im Zwang der Not habe machen müssen. Auch im Erzherzogtum Österreich rebellierten die Stände.