Während er einen Winter lang in Prag residierte (später wurde er der "Winterkönig“ genannt), bereitete Ferdinand den Kampf vor.
Unentwegt arbeitete Maximilian in diesem Winter an seinem Plan: Rüstungen, Korrespondenzen, mit Madrid, mit Rom; dringende beschwörende Bitten um Geld, um Truppen, um die Mitwirkung Belgiens, was ihm alles zugesagt wurde. Dem Obersten von Waldstein, auch Wallenstein , Mitglied einer vornehmen böhmisch- mährischen Familie, gelang es, einen kleinen Teil des ständischen Regimentes, das er kommandierte, ins habsburgische Lager hinüberzuführen. Im Frühsommer 1620 lagen die Heere der beiden Machtgruppen einander bei Ulm gegenüber, doch kam es vorerst nicht zu dem befürchteten Zusammenstoß, sondern zu Verhandlungen. Der „Ulmer Vertrag "wurde ausgehandelt, der jedoch nur einen Scheinfrieden brachte. Ende Juli marschierten die Bayern und Ligisten (Söldner in Wirklichkeit) unter Maximilian und seinem General Tilly in Oberösterreich ein. Es war die Idee Maximilians, daß zuerst die österreichischen Stände zur Räson gebracht werden sollten, ihre Verbindungen mit Böhmen zerschnitten werden müßten. Was es kostete, zahlten auf jeden Fall die tschechischen Bauern. Sie wurden mit Einquartierungen und Brandschatzungen heimgesucht, ihre Felder wurden verwüstet. In Linz nahm Maximilian die Huldigungen der gedemütigten Rebellen entgegen. Ringsumher verödete, brennende Dörfer, verhungertes Vieh. Tiere und Bauern sollten von nun an durch die Jahrzehnte die verworrenen Händel der Herren mit unvorstellbarem Leid zu zahlen haben. Weiter ging es im Spätherbst nach Böhmen, mit Soldaten, Jesuiten und Kanonen. Die zwölf gewichtigsten Kanonen trugen die Namen der zwölf Apostel, den Oberbefehl erhielt die Heilige Jungfrau.
Die böhmische Hauptarmee wurde am 8. November vor den Toren Prags, am Weißen Berg, gestellt, aufgerieben, in die Flucht gejagt. König und Königin entflohen nach Breslau , reiche Beute zurücklassend. Die Unterwerfung Böhmens, dann Mährens erfolgte in wenigen Wochen. Nun folgte ein Blutgericht, dem ein großer Teil des böhmischen Adels zum Opfer fiel. Unter den wenigen, denen die Flucht gelang, war Thurn.
Jeder, der irgendwie mit der Rebellenregierung zu tun gehabt hatte, und wer hatte das nicht, den traf die sogenannte Konfiskation. Ein Konfiskationsrat brachte im Lauf der Zeit gut die Hälfte des Landes in anderen Besitz und viele an den Bettelstab. Liechtenstein, des Kaisers erster Minister, und Albrecht Wallenstein brachten auf diese Weise riesige Güterkomplexe an sich, wobei sie sich übrigens großteils gefälschter Gulden bedienten. Das schlechte Geld, zusammen mit dem Ruin der Bauern, der Angst und der Rechtsunsicherheit, trieb die Preise hoch, die Kosten des Lebens auf das Zwölffache.