Vznikali pocas 20rokov a je na nich vidno postupne odchylovanie od katolickej cirkvi, najvacsou poziadavkou bola zenba knazov a prijimanie pod oboma sposobmi. Aby sa udrzovali knazi zasiahnuty reformaciou pri katolicizme, na tridentskom koncile(1545-1563) sa presadzoval ustupok pri zenbe a prijimani. Podporoval to aj Ferdinand I. Papez ustupil v otazke prijimania u uhorskych aktolikov ale zenbu odmietol, to vsak neakceptovali uz zenaty knazi a tak i otazka prijimania stratila vyznam a v 1611 bola zrusena.
Uspech Bockajovho povstania zakotveny vo viedenskom mieri(1606) – nabozenska sloboda ktora bola rozsirena aj na poddanych(1608). Protestanti ziskali podporu u palatina Stefana Ileshaziho a po jeho smrti aj u Juraja Thurza. Ten zorganizoval v r 1610 synodu evanjelickej cirkvi v Ziline a neskor aj v Spisskom podhradi(1614), to pomohlo organizacne dobudovat evanjelicku cirkev zriadenim superintendencii-evanjelci sa konecne vymanili z podrucia kontroli Katolikov. Na sirenie protestantizmu reagovala cirkev az v pol 16. st. Ostrihomsky arcibiskup Mikulas Olah presunul svoje sidlo do Trnavy a isiel cestou nabozenskej tolerancie. Na trnavske katolickej synode 1560 rozhodol ze pri kazdej fare bude aj skola, povolal jezuitov dom TT1561 a spojil mestsku skolu s kapitulskou skolou. Zalozil aj prvy seminar, po nom pokracoval aj frantisek Forgac a najma Peter Pazman. Pazman zalozil v Trnave univerzitu1635 a zriadil jezuitske kolegiu v BA aj V TT vo viedni zalozi Ustav pre vychovu uhorskych knazov studujucich na viedenskuj univerzite – Pazmaneum. Podobne jagersky biskup Benedikt Kisdy v 1657 zalozil univerzitu v KE. Protestanti sa pokusali zalozit univerzitu v TT ale ked Ileshaziocvi presli na katolicizmus, cisarsky dvor im nedovolil univerzitu a tak v PO zalozil kolegiu v vyssimi triedami1667., pocas stavovskych povsatni prechadzalo z ruk do ruk az ho r 1711 prevzali jezuiti.Cast protestantov sa po porazke na Bielej hore1620 usadila na Slovensku kde koli stavovskym povstaniam boli vyhodnejsie podmienky pre nich. Juraj Tranovsky zo Sliezska vydal evanjelicki spevnik Cithara Sanctorum1636 a Benedikt Solosi vydal katolicky spevnik cantus catholici 1655 a nadviazal,v nom na tradiciu cyrila, metoda a svatoplukovu risu. Proti hbsburske povstania boli vyuzivane na rekatolizaciu ale az do posl destaroci 17 st tu bola turecka hrozba. Sopronsky snem1681 ktory cisra zvolal iba v obave z Tokoliho povstania povolil protestantom v kazdej stolici dva artikularne kostoly a v mestach tiez ale iba na okraji, drevene a bez veze.