Dále se v ní panovník zavazuje, že bude všechny studenty cestující za účelem studií chránit před politickými autoritami a jejich mocí. To bylo důležité pro další vývoj univerzit v Evropě. Univerzita se tak právně stala místem, kde se výuka a výzkum vyvíjejí svobodně a nezávisle na jakékoli moci. VLIV MĚSTA

Po smrti Fridricha I. se snaží na univerzitu dohlížet město. Požaduje, aby učitelé přísahali, že nepůjdou vyučovat mimo městské brány. Za větší jistoty a za ochranu se vyučující zavazují, že nebude docházet k odštěpování univerzity. Přítomnost univerzity znamenala pro město bezesporu obrovskou mezinárodní prestiž. Studenti však zákaz pohybu odmítají. K nejdůležitějšímu odštěpení došlo v roce 1222 a vznikla tak univerzita v Padově. MEZINÁRODNÍ SPOLEČNOST

Studenti se v té době rozdělují podle místa původu. V Boloni jsou studenti z tzv. území před horami (Italové z Lombardie, Toskánska a Říma, ne z Boloně) a z území za horami (za Alpami, tedy Francouzi, Španělé, Angličané, Burgundi, Normani, Katalánci, Maďaři, Poláci, Němci atd.) Tak se na přelomu dvanáctého a třináctého století vytvářejí v Boloni sdružení studentů, kteří se snaží dosáhnout samostatnosti a dohodnout se s místní mocí. Roku 1219 dává papež boloňské mu arcidiakonovi povolení udělovat akademické tituly. Roku 1230 přiznává město Boloňa zahraničním studentům stejná práva jako studentům boloňským. PRVNÍ SÍDLO

Prvním stálým sídlem Boloňské univerzity byl Palazzo dell`Archiginnasio. Palác byl postaven roku 1563 s cílem sdružit do jedné budovy všechny právní školy (občanské a církevní právo) a školy humanitní a přírodovědecké (filozofie, medicína, matematika, fyzika a přírodní vědy). Tyto školy byly do té doby roztroušeny v různých částech města. Stavba byla zahájena roku 1561 a dohlížel na ni papežský legát Pier Donato Cesi. Budova "nových škol", neboli Archiginnasio, byla postavena podle projektu boloňského architekta Antonia Morandi a byla součástí plánu na obnovu politického centra města. Stavební práce, které začaly univerzitní budovou, pokračovaly dále v roce 1564. Tak vzniklo hlavní náměstí (Piazza Maggiore) a Neptunova kašna. V roce 1565 pak byl ještě postaven Palazzo dei Banchi, což je vůbec poslední postavená budova na celém náměstí. Z vnější strany paláce Archiginnasio je podloubí se třiceti oblouky dlouhé 139 metrů. Palác je dvoupatrový. Do druhého patra vedou dvě schodiště, což umožňovalo oddělený přístup do se dmi přednáškových sálů na právnické škole a zvlášť na škole umělecké do dalších sedmi místností.