V budově byly dále dvě velké auly: aula magna (kde je dnes čítárna městské knihovny) a aula právnická, které se také říká Stabat Mater, na paměť prvního uvedení stejnojmenné opery Gioacchina Rossiniho roku 1842. Na stropech na chodbách a schodištích a na stěnách místností jsou erby, nápisy a ozdoby se jmény učitelů a studentů, kteří navštěvovali Boloňskou univerzitu od konce šestnáctého do konce osmnáctého století. Ne vždy jde o známé osobnosti, ale i tak jsou zajímavým historickým svědectvím. ANATOMICKÉ DIVADLO

V roce 1637 architekt Antonio Levanti postavil takzvané Anatomické divadlo ( Teatro Anatomico ). Vyučovala se tam anatomie na základě pitev lidských mrtvol. Sál je obložen dřevem a jsou v něm sochy slavných lékařů z období starověku a nejznámějších boloňských lékařů. Za druhé světové války při leteckém bombardování 29. ledna 1944 byla budova Archiginnasia značně poškoze na a některé fresky a sochy byly zcela zničeny. STUDENTSKÉ KOLEJE

Velký příliv studentů na Boloňskou univerzitu ve třináctém a ve čtrnáctém století je spojen s novým problémem. Kde studenty ubytovat? Mnohé urozené rodiny dávají peníze na výstavbu studentských kolejí. Ve třináctém století je postavena kolej Collegio Avignonese pro osm studentů z diecéze v Avignonu, kteří chtějí studovat v Boloni. Roku 1367 je postavena kolej Collegio di Spagna určená pro čtyřiadvacet španělských studentů šlechtického původu a dva kaplany. V následujících stoletích vznikají v Boloni další koleje. Například kolej il Vives (1538) pro španělské studenty ve stísněné ekonomické situaci či lo Jacobs (1560) kolej pro Vlámy. Nechyběly samozřejmě ani koleje pro italské studenty, například il Ferrerio (1542) pro Piemonťany, il Montalto (1586) pro studenty z oblasti Marche nebo koleje pro boloňské studenty jako il Gregoriano (14. století), kterou ustanovil sám papež Řehoř XI., nebo il Poeti (1549). Mnoho těchto kolejí funguje dodnes (například Collegio di Spagna, Collegio Poeti aj.). PLAT PRO UČITELE

Hned od začátku fungování univerzity studenti sbírali peníze a dávali je učitelům ve formě odměny, protože věda, jako dar od Boha, se nemohla prodávat. Postupně se z odměny stal opravdový plat. Existují dokumenty, které přesně stanovují, kolik peněz musí učitel dostat za jednu hodinu nebo za celý rok. Ne vždy platili učitelům pouze studenti. Někdy muselo část peněz učitelům vyplácet město, aby zajistilo potřebnou kontinuitu vyučování. Asi od poloviny čtrnáctého století vyplácelo město nejznámějším profesorům plat. Tak vznikl trojúhelník charakterizující středověké období Boloňské univerzity: profesoři, studenti a město.