Pretože Hőss nechcel, aby počas zvláštnej akcie – otestovania stavieb nastali nejaké komplikácie, rozhodol sa nepoužiť práceneschopných židov z Osvienčimu, ktorí dobre vedeli čo sa deje, a tak dal rozkaz doviezť špeciálny transport s dvetisíc židmi z niektorého poľského geta. Keď dorazili, sľúbili im, že po sprche dostanú chlieb a Hőss dokonca zavolal svoj väzenský orchester, ktorý začal hrať poľské melódie. Keď židia vstúpili do miestnosti, službukonajúci príslušníci SS im rozdali kúsok mydla, vybehli von a zabuchli dubové dvere. Ozvali sa výkriky a tupé údery do stien. Reichsfűhrer sa na celú akciu pokojne pozeral malým okienkom vo dverách. O chvíľu bolo po všetkom. Prišlo špeciálne komando väzňov vo vysokých čižmách, ktoré postrekovalo hŕby mŕtvol silnými prúdmi vody. Potom všetky mŕtvoly prekladali na vozíky, prešli s nimi popri komande, ktoré zbieralo prstene, potom popri komande holičov, ktorí strihali vlasy, a okolo komanda dentistov, ktorí trhali zlaté zuby. Štvrté komando hádzalo telá do pecí. Krátko po tejto návšteve bol Rudolf Hőss povýšený. Celý rok 1942 pokračovali transporty a likvidácia bez väčších komplikácií.
Keďže do plynu šli len práceneschopní židia, ostatní iba zvyšovali už aj tak veľmi vysoký stav väzňov v tábore. Väzni sa hromadili v tesných barakoch, hygiena a strava boli stále horšie a epidémie – hlavne šarlach, záškrt a týfus – nasledovali jedna za druhou. Zabíjali skoro toľko ľudí ako plynové komory a telá sa hromadili pred barakmi tak rýchlo, že to preťažovalo zvláštne oddiely, ktoré ich odvážali do krematórií. V tomto období bola situácia natoľko napätá, že Reichsfűhrer vydal príkaz, aby bol zastrelený každý veliteľ SS, ktorý by úmyselne alebo neúmyselne čo len troška spomalil plnenie vykynožovacieho plánu. Židovské transporty mali mať všade prednosť, dokonca aj pred dopravou zbraní a vojsk na ruský front.
Krematóriá č. III a IV boli hotové na určený termín a od januára 1943 do konca roka pracovali všetky štyri naplno. V decembri 1943 bol Hőss vymenovaný za inšpektora koncentračných táborov a tak spolu s rodinou (3 deti) opustil tábor Osvienčim-Birkenau.
Inšpekčnú činnosť vykonával až do marca 1945, kedy sa vojna obrátila proti Nemecku. Vtedy všetci velitelia koncentračných táborov dostali rozkaz zastaviť zabíjanie židov a vykonať všetko možné, aby sa znížila ich úmrtnosť. Koncom apríla bola už situácia taká, že velitelia koncentračných táborov dostali rozkaz opustiť tábory a ukryť sa - “Od tej chvíle sa stal útek akýmsi hrozným snom. Z jednej strany postupovali Rusi, z druhej Anglosasi a my sme museli ustavične utekať pred postupujúcim nepriateľom” (Hőss – apríl 1945). 5. mája dostal Hőss rozkaz, aby odišiel do Rantumu. Prišiel tam 7.