Roku 1596 sa na západnej Jáve usadili Holanďania a roku 1602 založili Nizozemskú spoločnosť, ktorá sa neskôr rozšírila a tvorila základ nizozemsekj koloniálnej ríše v Indonézii. V roku 1789 mali Holanďania pod kontrolou väčšiu časť dnešného ostrovného štátu. Iba ríša Aceh na severe Sumatry sa udržala do roku 1895. Roku 1800 bola Nizozemská východoindická spoločnosť rozpustená a jej majetok prevzal štát ako Nizozemskú východnú Indiu. Keďže od 18. storočia význam obchodu s korením klesal, vláda zákonnými opatreniami prinútila jávskych roľníkov pestovať tabak, bavlnu a kávu, ktoré mali lepší odbyt. Napriek mnohým povstaniam proti koloniálnej moci sa Holanďanom v priebehu 19. storočia podarilo svoju nadvládu upevniť.
Začiatkom 20. storočia sa v boji proti koloniálnej vláde sformovali dve opozičné národne orientované strany: Budi Utomo, ktorú 20.5.1908 založili indonézski intelektuáli, a Sarekat Islam, nábožensko-nacionalistické hnutie moslimských obchodníkov, zamerané proti komunistickej strane Indonézie založenej r.1920. Roku 1927založili Sukarno Národnú stranu Indonézie, ktorá sa roku 1931 zlúčila s Indonézskou stranou. Holandská koloniálna správa ostro prenasledovala indonézske národné hnutie. Sukarno strávil roky 1929-1942 (s výnimkou dvoch rokov) vo väzení alebo vo vyhnanstve. V priebehu 2. svetovej vojny Japonsko obsadilo roku 1942 Holandskú východnú Indiu – ako sa vtedy Indonézia nazývala. Sukarno podporoval okupantov. Po skončení vojny vyhlásili protiholandské sily 17.8.1945 nezávislosť. Začali sa boje medzi holandskými jednotkami a indonézskymi ozbrojenými skupinami. Na haagskej konferencii, ktorú zvolala OSN r.1949, sa Holandsko muselo vzdať všetkých svojich nárokov v Indonézii. Iba západná časť Guiney (Západný Irian) zostala holandskou dŕžavou a oficiálne bola pripojená k indonézskemu štátu až r.1969. Sukarno bol zvolený za prvého prezidenta 16 štátov zjednotených v indonézskej federácii.
Podľa dočasnej ústavy z roku 1950 bola Indonézia jednotnou republikou. V prvých parlamentných voľbách r.1955 zvíťazila Sukarnova Národná strana Indonézie. Politická jednota Indonézie bola však ešte dlho problematická, čo dokumentovali aj opakujúce sa povstania proti vládnucemu centralizmu. Okrem toho postihla krajinu aj hospodárska kríza. Sukarno nahradil parlamentný systém tzv. riadenou demokraciou, ktorá bola v podstate režimom jeho osobnej moci. Presadzoval protizápadný kurz a opieral sa o Čínu a Sovietsky zväz. Vnútropolitické rozpory medzi komunistami a konzervatívnou armádou vyústili r.1965 do pokusu o komunistický puč, ktorý potlačila armáda pod vedením generála Kemusua Suharta.