Slovenská národná rada začala organizovať druhú výpravu na Slovensko. Viedeň sústreďovala všetky svoje sily na potlačenie maďarskej revolúcie. Slovenská výprava sa stala súčasťou tohto ťaženia. Táto, tzv. zimná výprava sa uskutočnila v dvoch smeroch. Prvá skupina dobrovoľníkov prenikla na Slovensko v decembri 1848 smerom od Těšína k Žiline. Ovládla severné a postupne aj časť stredného a východného Slovenska. V obsadených oblastiach preberali správu Slováci. Druhá skupina pôsobila na juhozápadnom Slovensku. V oblastiach Slovenska kontrolovaných cisárskymi vojskami preberali moc vládni komisári, ktorí sa o národné záujmy Slovákov nezaujímali. Napriek určitým vojenským úspechom podstata slovenskej otázky tak, ako ju vyjadrovali Žiadosti slovenského národa a vyhlásenia Slovenskej národnej rady, bola stále ďaleko od uskutočnenia. Ríšsky snem zasadal počas revolúcie v moravskom Kroměříži. František Palacký predložil snemu návrh na federalizáciu ríše. V podstate zopakoval návrh, ktorý bol predložený na Slovanskom zjazde. Windischgrätz medzitým dosiahol koncom februára 1849 vojenské víťazstvo nad maďarskými revolučnými silami. Nebolo to definitívne víťazstvo, no panovník sa už cítil byť víťazom a tak snem rozpustil. 7.3. vyhlásil silne centralistickú ústavu. V tejto situácií sa v marci 1849 predstavitelia Slovenskej národnej rady obrátili so slovenskými návrhmi na cisára v Olomouci. V petícii sa žiadalo zriadiť samostatné slovenské územie v rámci Habsburskej ríše, Slovensko malo mať vlastný snem, vlastnú štátnu správu podliehajúcu Viedni a na tomto autonómnom území mala byť úradným jazykom slovenčina. Cisár vymenoval slovenských vládnych dôverníkov, ktorí mali pri vláde zastupovať slovenské záujmy, na zásadné slovenské požiadavky však panovník odpovedal iba neurčitým sľubom.
14.4.1849 vyhlásil v Debrecíne uhorský snem vedený Kossuthom detronizáciu Habsburgovcov v Uhorsku a vytvorenie samostatného Uhorska. Pri tejto príležitosti deklaroval jednotné maďarské Uhorsko bez najmenších práv pre iné národy. Kossuth ostal osamotený a po vyhlásení detronizácie Habsburgovcov popudil proti sebe aj európsku reakciu. Napokon ruský cár poslal Františkovi Jozefovi na pomoc ruské vojská. S ich pomocou porazil rakúsky cisár v auguste 1849 pri Világoši maďarský odboj. Revolúcia v Habsburskej monarchii sa skončila porážkou.
Viedenská vláda využila porážku revolúcie na upevnenie svojej moci a na centralizáciu štátu. Nastalo obdobie neoabsolutizmu, ktoré je najviac späté s osobou bývalého liberála, ministra vnútra Alexandra Bacha.