Herodot napísal, že Peržania už rok predtým rozoslali heroldov po celom Grécku, ktorí žiadali zem a vodu, to znamená vernosť Veľkému kráľovi. Intervencia zapadla do tohto obrazu perzských snáh tak, ako aj kampaň roku 490 pred naším letopočtom. Na jej začiatku si Peržania s použitím násilia alebo bez neho podrobili Kykladské ostrovy a ostrov Euboiu. V priebehu výpravy sa však zmenil program. Dobyvatelia narazili na Hippia, bývalého aténskeho tyrana, poslaného do exilu v perzskom hlavnom meste Súzach, ktorý chcel znovu dobyť svoju vlasť. Zrejme pod jeho vplyvom sa Peržania v roku 490 pred našim letopočtom vydali do Atiky a v septembri toho roku sa vylodili v Maratónskom zálive.
Miltiades bol jedným z desiatich stratégov, vysokých štátnych úradníkov, ktorí vždy počas jedného roka zastávali funkcie v riadení vojenských záležitostí. Aténčania v obave z návratu tyrana, mu vyjadrili svoju podporu. Stratég dal hlasovať za dve opatrenia: vyslať peších ťažkoodencov bojujúcich vo falange do Maratónu a požiadať Sparťanov o pomoc.
Aténčania, posilnení o vojsko zo susedného mesta Plataje, zaujali postavenie na vyvýšenine za planinou, a tak blokovali cestu do Atén. Po niekoľkých dňoch pozorovania Peržania jednej noci nalodili svoju jazdu, obišli Atiku a pristáli na protiľahlom brehu. V tej chvíli Aténčania prešli do útoku. Rýchlym postupom prekonali nebezpečnú zónu v dostrele perzských šípov a nepriateľ bezhlavo utiekol a nechal na bitevnom poli stovky mŕtvych a ranených, rýchly posol, ktorý niesol zvesť o víťazstve, bežal bez oddychu až do Atén a hneď po odovzdaní správy zomrel od vyčerpania. Nasledujúci deň sa perzská flotila pred Faleronom ocitla tvárou tvár víťazom, ktorí sa rýchlo vrátili na pomoc Aténam. Peržania sa vzdali ďalšieho boja a vrátili sa do Ázie. Sparťania si už len prišli pozreť bitevné pole. Peržania nepripisovali porážke pri Maratone veľký význam, vzhľadom na množstvo podrobených ostrovov na území tiahnucom sa od Perzskej ríše až po hranice Grécka. Pre Aténčanom bolo toto ich víťazstvo veľmi dôležitou udalosťou, znamenalo rozchod s Peržanmi. Barbari sa stali večnými nepriateľmi a médska príslušnosť synonymom zrady. Výsledok bitky bol dôkazom veľkosti mesta a vyvolával u jeho občanov stále väčšiu hrdosť na jeho postavenie a dôveru v ochranu bohov. Bol posledným prejavom spoločnosti, v ktorej spoločenstvo hoplitov predstavovalo občianský ideál. Túto výhru neskôr zatienilo víťazstvo pri Salamíne, kde roku 480 pred naším letopočtom počtom malá grécka flotila porazila priamo pred Xerxo-vými očami perzské loďstvo.