1654 - 29.XII.: Rád jezuitov z poverenia Ferdinanda III. získal Kráľovský dom, kde dovtedy sídlil hornouhorský kapitanát. Tu jeuiti zriadili svoju školu. 1657 - 26.II.: V Košiciach vzniká akadémia. Na jej založenie poskytol peniaze vtedajší jágerský biskup Benedik Kisdy. 1657 - Na trón nastupuje cisár Leoplod I. Habsburský, ktorý vládol do roku 1705.
28. II.:V meste vznikla Košická univerzita, ktorá mala teologickú, filozofickú a filologickú fakultu. Na dve storočia bola v Košiciach najvýchodnejšia európska univerzita. 1660 - 7. VIII.: Cisár Leopold I. potvrdil Zlatou bulou založenie Košickej univerzity. Týmto získala rovnaké privilégia a práva ako ostatné ríšske univerzity - napríklad Kolínska, Pražská, Viedenská, alebo Olomoucká. 1661 - Košice navštívili zástupcovia stredoeurópskych univerzít, aby boli osobne prítomní pri prvom menovaní doktorov, ktorí ukončili svoje štúdia na Košickej univerzite. 1667 - Podľa majetkového súpisu majiteľov domov sa v Košiciach nachádzalo 520 domov. 1671 - V rokoch 1671 až 1681 sa vystaval jezuitský kostol pri Košickej univerzite. jeho výstavbu štedro podporila Žofia Báthoryová.
V rokoch 1671 až 1677 bola pred južnou bránou mestských hradieb postavená vojenská citadela. 1674 - 22.VIII.: Obrovský požiar, ktorý začal na Mäsiarskej ulici, zničil 155 domov a obilnú sýpku v dominikánskom kláštore, ktorý bol v tom čase opustený a slúžil ako sklad. Pri mestsklej Forgáchovej bráne vybuchol sklad s pušným prachom, ktorý vyhodil do povetria celú vežu. Zomrelo 28 ľudí. 1676 - V marci sa v Košiciach vyskytlo zemetrasenie. 1677 - 18. VIII: V košickom jezistkom skostole bol pochovaný František I. Rákoci. 1678 - Mesto zachvátil ďalší ničivý požiar. 1682 - 21. VIII.: Thökölyho protihabsburské povstanie zasiahlo Košice. Kežmarský magnát Imrich Thököly s kuruckým vojskom pritiahol k mestu. Na vyjednávaní cisársky veliteľ a hornouhorský kapitán generál Lamb, ako i richtár Andrej Vido odmietli vydať mesto kurucom.
14.-15.VIII.: Kurucké vojská v noci dobili ciradelu v južnej časti pred mestskými hradbami, odkiaľ spustili paľbu na Košice. Mesto sa vzdalo v poludňajších hodinách.

19. VIII.: Košice museli opustiť jezuiti, ktorí tu založili univerzitu a františkáni. Ich kostoly dostali do užívania protestanti. 1684 - V tomto, alebo tesne po tomto roku boli v Košiciach popravení významní zajatci kuruckých vojsk. Medzi nich patril Žigmund Drugeth, František Bárkoczi, Andrej Semsey, Štefan Macsay a Ján Melczer. 1685 - V septembri obkľúčila Košice armáda Aenesa Caprara.