Aenes Caprar bol predtým košickým kapitánom, stál na strane habsburského cisára a získal preň i mesto Prešov. Imrich Thököly sa vzdal. 1686 - 2. I.: Dóm sv. Alžbety som spätne vydaný do rúk katolíkom. Od týchto čias ostáva katolíckym chrámom. Protestanti neboli vyhnaní, ale museli si vybudovať nové chrámy, na ktoré dostali pozemky mimo hradbami chránených častí mesta. 1697 - 16. december - cisár Leopold I. vydal príkaz, podľa ktorého sa mal dominikánsky rád vrátiť do Košíc. 1698 - Z nariadenia manželky cisára Leopolda I. sa v Košiciach zakladá kláštor Rádu uršulíniek. Do Košíc sa vracia aj Rád dominikánov. 1703 - Košice začína obliehať vojsko Františka Rákociho II. 1704 - 21. X.:Po ročnom obliehaní sa mesto dostalo do moci kuruckých vojsk Fratiška II. Rákociho. Na čele tejto jednotky protihabsburského povstania stál Šimon Forgách. Stalo sa tak deň potom, čo cisárska posádka vedená generálom Herkulom Montecucollim opustila Košice. Začína sa s veľkými opravami vojnou zničeného mesta, majmä s rekonštrukciou jeho hradieb. 1705 - 1. IX.: Uhorský snem zvolil za vodcu uhorskej konfederácie Fratiška II. Ráociho. Zároveň mu dal titul knieža. Tento akt bol jednotiacim prvkom veľkej časti uhorskej šľachty účastnej na protihabsburských stavovských povstaniach. Legitimity zo strany cisárskeho dvora sa ich činu, samozrejme, nedostalo.
Na cisársky trón nastupuje ďalší Habsburg - Jozef I. Vládol do roku 1711. 1706 - 9. IX.: Na Košice, ako na baštu protihabsburských povstaní, zaútočili cisárske vojská vedené Rabutinom. Po deviatich dňoch neúspešne odtiahli.
Košice navštívil František II. Rákoci, ktorý si mesto vybral za svoje sídlo v rokoch 1706-1707. Obýval budovu terajšieho Slovenského technického múzea. 1709 - V Košiciach vypukol mor, ktorý tu vyčíňal až do roku 1710, podľa niektorých zdrojov do roku 1711. Na pamiatku jej obetí bola v Košiciach postavená Immaculata. 1711 - 20.IV.: Habsburské vojská vedené generálmi Ebergínyim, Viardom a Löffelholzom drancovali okolie mesta.
25.IV: Aby sa masaker nešíril, mesto Košice umožnilo vstup habsburským generálom za hradby. Títo dojednali s veliteľom Košíc - Danielom Eszterhászym podmienky kapitulácie Rákociho vojska.

26. IV.: Do mesta vstúpili habsburské vojská. 1. V. :Po porážke kuruckých vojsk Habsburgovci navrhli Františkovi II. Rákocimu tzv. Satmársky mier. Rákoci nesúhlasil so zmluvou a radšej prijal vyhnanstvo v Anglicku, potom vo Francúzsku. V roku 1717 prijal pozvanie tureckého slutána a odišiel do Konštantinopolu, v roku 1720sa presťahoval do mesta Rodošto. Zomrel v 8. IV. 1735, ale jeho telesné pozostatky boli 29. X.