Drasticky zomrelo viacero obyvateľov mesta.

3. IX.: Pri Košiciach sa pohybujú vojská protihabsburského povstania Gabriela Bethlena, ktoré vedú Juraj Rákoci, Štefan Nyáry, Mikuláš a Štefan Monoky. Vedenie mesta s vedením vojsk uzatvorilo dohodu, podľa ktorej povstalecké vojská zachovajú výsady mesta a práva jeho obyvateľov. Po jej uzatvorení dohody - 5. 9. 1619, do mesta malo prístup maximálne 200 žoldnierov.

21. IX.: Do mesta vstúpil samotný Gabriel Bethlem a zotrval tu osem dní. Odtiaľ vojensky vyrazil na Bratislavu, kde ukoristil kráľovskú uhorskú svätoštefánsku korunu. Na spiatočnej ceste priniesol kráľovskú korunu do Košíc. Ešte pred návratom do mesta bol 25. VIII. vyhlásený za kráľa, avšak sám sa nedal nikdy korunovať. Stal sa sedmohradským kniežaťom - tzv. protikráľom. 1624 - Pred mestskými hradbami necháva Gabriel Bethlen budovať vojenskú pevnosť - citadelu, v ktorej mala ostať vojenská posádka, aby neobťažovala mešťanov, a zároveň chrániť mesto. Táto veľká pevnosť bola vojensky využitá iba raz. 1626 - 2. III.: V Levočskom dome sa konala svadba Gabriela Bethlema s Katarínou Brandeburskou. Nevesta prišla do Košíc z Berlína v slávnostnom sprievode s 225 členným doprovodom na 39 vozoch. 1629 - Zomiera ochranca Košíc a vodca protihabsburských povstaní Gabriel Bethlem a Košice sa opäť dostávajú pod priamy vplyv cisára Ferdinanda II. Habsburského. 1630 - V Košiciach je richtárom Michal Wass - v rokoch 1630 až 1634. 1631 - Najstaršia známa košická historická kronika
1632 - Sedliacke povstanie malo svoj koniec v meste Košice. Tu bol rozštvrtený jeho vodca Peter Czászár. 1637 - Na trón nastupuje Ferdinand III. Habsburský, ktorý vládol do roku 1657. 1644 - 2. II.: Protihabsburské povstania pokračujú. Na ich čele stojí sedmohradské knieža Juraj Rákoci, ktorý sa vydal s vojskom na Horné Uhorsko, aby obsadil mesto Košice a územie terajšieho východného Slovenska.
23. II.: Vojská Juaraja Rákociho sa usasili pred mestom Košice. S ich vodcom vyjednáva hornouhorský kapitán so sídlom v Košiciach Adam Forgách. Juraj Rákoci potvrdil zachovanie mestských výsad a privilégií, za čo musel Adam Forgách Košice opustiť. Juraj Rákoczy vstupuje do mesta, ktoré dobyl bez boja. 1648 - 11.X.: Juraj Rákoci I. zomrel a Košice sa opäť dostali pod priamu moc habsburgovcov, zastúpenú cisárom Ferdinandom III. Mesto Košice bolo pripojen0 k Sedmohradsku. 1650 - Košice navštívil palatín Pavol Pálfy. Opätovne sa tu vrátila aj Jágerská kapitula, ktorá dočasne sídlila v Jasove.
V Košiciach zakladá svoje stredisko rád jezuitov.