Vykonal sa súpis židovského majetku, podľa ktorého 54 667 osôb vlastnilo majetok za 4 322 239 000 korún a dlžoba na tomto majetku predstavovala 1 134 582 000 korún. Židovský kódex vyšiel ako vládne nariadenie 9.9.1941 podľa vzoru tzv. norimberských rasových zákonov. Na znenie kódexu, ktorý sa skladal z 270 paragrafov, dohliadal H. Globke, tvorca rozsiahlych komentárov k norimberským zákonom. Poje „Žid“ definoval podľa rasových kritérií: bola ním osoba, ktorá mala najmenej troch židovských starých rodičov. Miešanci sa pokladali za Nežidov. Uzatvárať manželstvo medzi Židmi a Nežidmi bolo zakázané. Židia museli chodiť označení žltou hviezdou. Radikálne bola obmedzená ich osobná sloboda. Nesmeli bývať na hlavných uliciach miest, chodiť do kín, divadiel, kaviarní, navštevovať výstavy, prechádzať sa v parkoch, navštevovať kúpaliská, vlastniť fotografické aparáty, ďalekohľady, vlastniť bicykle, telefón a používať ich. Listy a žiadosti museli označovať hviezdou, cestovať smeli len vo vyznačených vozňoch a s povolením úradov. Na ulici sa smeli pohybovať i nakupovať iba vo vymedzenom čase. Prezident J. Tiso presadil v Židovskom kódexe paragraf 255, podľa ktorého mohol udeliť výnimku a úplne alebo čiastočne oslobodiť od účinnosti tohto nariadenia. Začalo sa pracovať na zakladaní pracovných táborov pre Židov. Na Slovensku boli zriadené 3 pracovné tábory, ktoré mali charakter štátnych podnikov. Tábor v Seredi ( 1700 osôb ) sa špecializoval na stolárske práce a patril medzi najmodernejšie a najvýkonnejšie podniky na Slovensku. Tábor v Novákoch ( 1300 osôb ) sa špecializoval na výrobu konfekcie a tábor vo Vyhniach ( 400 ľudí ) na stavebné práce. Strážili ich oddiely Hlinkovej gardy. Dôverná konferencia nemeckých politikov vo Wansee 20.1.1942 rozhodla o „ konečnom riešení židovskej otázky“ vyhladením Židov. Keď Nemecko žiadalo zvýšiť počet slovenských robotníkov na práce do Nemecka, slovenské ministerstvo vnútra na rokovaniach ponúklo ako náhradu za požadované pracovné sily 20 000 Židov zo Slovenska. Na riešenie tzv. židovskej otázky vysťahovaním systematicky vplývalo Nemecko. V. Tuka sa dohodou bez vedomia vlády a prezidenta zaviazal vyviezť Židov. Deportácie zo Slovenska sa začali 25.3.1942 a zastavené boli v októbri 1942. Slovensko bolo prvým samostatným štátom, ktorý odsunul veľkú časť svojich Židov do koncentračných táborov, zároveň bolo prvým štátom, ktorý deportácie po správach o vyhladzovaní Židov zastavil. Do konca r. 1942 ich bolo deportovaných asi 58 000. Deportácie sa obnovili až v októbri 1944 po príchode nemeckej armády na Slovensko.