Vtedy za začal profilovať ako výrazná osobnosť, ktorá dovtedy trpela vo Fidelovom tieni. Mal prchlivú povahu, kričal, nadával, neustále obhajoval svoje postoje, iné názory vo svojej skupine nepripúšťal. Ako jediný z guerrillových vodcov mal vo svojej skupine komunistov. Bol neľútostný autoritár, ktorý bez váhania strieľal odpadlíkov a neskôr získal povesť chladnokrvného ukrutníka masovou popravou prívržencov porazeného prezidenta Batisty. Po víťazstve revolúcie sa stal Guevara druhým mužom v novej vláde Kuby a zodpovedným za nasmerovanie Castra ku komunizmu - ku komunizmu nezávislému na ortodoxnom komunizmu moskovského štýlu, ktorý presadzovali niekterí súdruhovia. Che vytvoril a riadil Národný inštitút pre reformu poľnohospodárstva (Instituto Nacional de la Reforma Agraria), ktorý mal za úkol poskytnúť nové agrárne zákony pre vyvlastnenie veľkostatkov. Rozbehl vlastné Ministerstvo priemyslu a bol menovaný prezidentom Národnej kubánskej banky. Donútil nekomunistov k odchode z vlády a kľúčových postov. Neústupne vystupoval proti radám sovietských poradcov a dvoch významných francúzských marxistických ekonómov, ktorí boli pozvaní Fidelom a ktorí chceli postupovať oveľa pomalšie. Posunul kubánsku ekonomiku tak rýchle do totálného komunizmu a do rozrôzňovania poľnohospodárskej a priemyselnej výroby, že ju prechodne zničil...

V roku 1959 sa oženil s Alédiou Marchovou a navštívil s ňou Egypt, Indiu, Japonsko, Indonéziu, Pakistan a Juhosláviu. Späť na Kube, ako minister priemyslu, podpísal v roku 1960 obchodnú zmluvu so Sovietským zväzom, ktorá oslobodila kubánske cukrovarníctvo zo závislosti na trhu USA. Bola to predzvesť jeho nezdaru v Belgickom Kongu a v Bolívii, axiómu, ktorý, ako sa ukázalo, bol beznadejne zavádzajúci. "Nie je vždy nutné čakať na to, až budú existovať podmienky pre revolúciu. Môžu byť vytvorené podnetným ohniskom." Veril, rovnako ako Mao Tce-tung, že v prevažne poľnohospodárskych štátoch musí vonkajšok priniesť revolúciu do miest. Rovnako v tejto dobe oslavoval svoju vlastnú komunistickú filozofiu (neskôr zverejnenú v diele Socializmus a človek na Kube, 1965). Stručne môže byť vyjadrená jeho citátom: "Človek skutečne dosiahne stavu celistvivej ľudskosti, keď pracuje, bez toho, aby byl fyzickými potrebami nútený predávať seba samého ako tovar". Vzdaľoval sa od "Moskvy" smerem k Maovi a k tomu, čo je v podstate starý idealizmus, anarchizmus.