Rôzne proticirkevné aktivity vyvolávali potrebu koordinovaného postupu proti nim a teda založenie inštitúcie s rozsiahlou sieťou vyškolených vyhľadávačov. Hlavnými predmetmi záujmu inkvizície boli:
1/ organizované skupiny odporcov na čele s laickými kazateľmi, ktoré kritizovali bohatstvo cirkvi a svetský život duchovenstva (arnoldisti, valdenskí, humiliáti, ). 2/hnutia vystupujúce proti teologickým názorom cirkvi – manicheizmus, gnóza – katari, ktorí sa veľmi rýchlo rozšírili ;( od roku 1140 križiacka výprava v r. 1208 – 1209 ich celkom nevyhladila, iba zdevastovala celé južné Francúzsko).
3/vedci, maliari a intelektuáli, ktorých názory boli v protiklade s cirkevným svetonázorom (napr. Giordano Bruno , ale aj protestantské cirkvi – napríklad Kalvín- postupovali podobne.).
4/cirkevné osoby ,najmä keď kritizovali cirkevných hodnostárov alebo jej praktiky. (Jan Hus, Jeroným Pražský, Savonarola apod.).
5/osoby alebo organizované hnutia nepohodlné pre svetskú moc, ktorá inkvizíciu „využila“(napr. Jeanne d ´Arc, templári).
6.bosorky
Bula „Excomunicamus“ vydaná Gregorom IX. stanovovala právomoci inkvizičných orgánov a povoľovala upaľovať kacírov na hranici. Odsúdení sa nemohli odvolať. Nemohli mať cirkevný pohreb a ich rodinní príslušníci boli spoločensky znemožnení. K vynúteniu priznania sa od roku 1252 mohlo používať mučenie – obľúbený nástroj stredovekej justície vôbec. Inkvizítori boli sudcami a žalobcami v jednej osobe. Roku 1542 bola činnosť inkvizície posilnená zriadením tzv. Svätého officia – Sanctum Officinum, najvyššieho apelačného dvora v otázkach teológie, ktorému predsedal pápež. Index librorum prohibitorum – Zoznam zakázaných kníh bol ďalším prostriedkom ako zabrániť rozširovaniu „bludov a klamstiev“, vydával sa od roku 1543. Katolík smel tieto knihy čítať výhradne s povolením biskupa. Naposledy bol takýto zoznam uverejnený v r.1948:mal 510 strán a bolo obsiahnutých 6000 zakázaných titulov. V roku 1966 dal Rím na vedomie, že zoznamy už nebudú vychádzať.
Treba poznamenať, že nie všetci podozriví a vypočúvaní boli odsúdení na smrť. Ak odvolali svoje názory a kajali sa, dostali menší trest, napr. domáce väzenie, zákaz činnosti na niekoľko rokov, vyhostenie z krajiny a sľub, že o procese nebude hovoriť. Napríklad nemecký mystik, dominikánsky mních Majster Eckhardt zomrel v pokročilom veku, v r.1328, ešte pred zahájením inkvizičného procesu.r. 1329 uvalil pápež na jeho 28 téz kliatbu. Ignác Lopez de Recalde, známy ako Ignác z Loyoly, bol r.