Koncil vo Viedni (1312) oficiálne zrušil tento rád s tým, že sa členovia rádu dopustili kacírstva a tým rád stratil svoje opodstatnenie. Rádové statky pripadli johanitom, peňažné prostriedky vyplnili medzeru vo financiách Filipa Pekného. Jacques de Molay bol v r. 1314 odsúdený na doživotie. Potom veľmajster verejne odvolal predchádzajúce vynútené priznania a uistil, že rád sa ničím neprevinil. Toho istého dňa ich dal pápež upáliť. Údajne veľmajster vtedy vyriekol kliatbu „do roka a do dňa“ , čo sa nakoniec reálne udialo, lebo presne o rok nato umrel Filip aj pápež. Dva mesiace predtým, než zatkli Jacquesa de Molay, bol na návšteve na Morave. Podľa niektorých prameňov boli templári na Slovensku v Ružomberku a v Istebnom. V Padove učil Galileo Galilei v rokoch 1592 –1610 matematiku a astronómiu. A práve Galileo sa stal účastníkom inkvizičného procesu. Tvrdil totiž, že Zem obieha okolo Slnka, čím vraj odporoval tomu, čo je napísané v Písme. Už r. 1616 prehlásil, že je pripravený odvolať svoje učenie, ktoré Svätá inkvizícia v Ríme označila za kacírske. Kacírske bolo preto, lebo (presne ako Tycho Brahe a Mikuláš Kopernik) uznávalo heliocentrizmus.(Giordano Bruno bol za tento názor v r.1600 upálený) Galilei však nedodržal sľub o odvolaní učenia a v roku 1632 publikoval knihu Rozhovory o dvoch veľkých svetových sústavách, ptolemaiovskej a kopernikovskej Kopernikovskú. určil ako správnu. Pohoršenie budil aj jeho atomistický názor, že hmotu určujú jej najmenšie čiastočky. Táto predstava spochybňovala cirkevnú dogmu o „transsubstanciácií“, podľa ktorej kňaz premieňa chlieb a víno v Kristovo telo a krv. V rozpore medzi cirkevnými dogmami a prírodnými vedami hájil Galilei prioritu vedy , ktorá vedie k rozumu. Galilei nakoniec unikol smrti len tým, že sa 22. júna 1633 miestoprísažne zriekol Koperníkovho učenia. Aj napriek tomu však zostal pod kontrolou inkvizície do konca života, a to aj dokonca keď v roku 1637 oslepol. Prípad Galilei prebiehal v rámci úsilia ovládnuť svetskú spoločnosť a pretvoriť podľa svojho. Inkvizícia v Taliansku však v tomto smere nedosiahla najlepších výsledkov. V roku 1992 pápež Ján Pavol II. tento inkvizičný proces plne revidoval. O tom, že pravda môže byť smrteľne nebezpečná, sa presvedčil Girolamo Savonarola 23. mája 1498 na Piazza della Signorina vo Florencii, keď ho spolu s dvoma svojimi vernými upálili. Dominikán kritizoval simóniu5 pápeža Alexandra VI. Bol kazateľom vo Florencii a od roku 1491 hodnostár dominikánskeho kláštora sv. Marka.